BRAPH

グラフ理論解析のグラフィカルツールボックス。
名前がセンスある。

論文
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0178798
ダウンロード
http://braph.org/software/
指標の説明が非常によい
http://braph.org/manual/graph-measures/

Dynamic graph metrics

Neuroimage. 2017 Jul 11. pii: S1053-8119(17)30584-0. doi: 10.1016/j.neuroimage.2017.07.016. [Epub ahead of print]
Evaluating the replicability, specificity, and generalizability of connectome fingerprints.
Waller L1, Walter H1, Kruschwitz JD1, Reuter L1, Müller S1, Erk S1, Veer IM2.

前いじったときはいまいちだった。
けど、DCCと組み合わせらいいかもん。

ACPC自動設定

今年はDeepLearningに無謀にも挑戦しなければならない。
とりあえず学習データとなるADNIのT1を落としてきて前処理を行おうとしたところ、CAT12のSegmentationがうまくいなない事案発生。
nmt先生のスクリプトでACPCを補正してあげたらうまく回る模様。
http://www.nemotos.net/?p=1779
ありがとうございます。

脳アトラス

http://www.lead-dbs.org/?page_id=1004

中でもこれが良さげ。
http://atlas.brainnetome.org/download.html
264領域。
帯状回がもちっと細かいとベストなんだけどな。
AALが帯状回を3つに分けているところを7つに分割だから十分かなー。
Insulaは細かくて非常によい。
海馬の前後で分割。

マルチモダルツールPETRA

http://sipba.ugr.es/descargas/

The toolbox includes algorithms for simple and advanced analysis and classification of PET, SPECT, etc. images with the aim of Alzheimer and Parkinson disease diagnosis/detection.
だとさ。

モメのみ。

領域の活動と結合の双方を考慮した解析

https://arxiv.org/pdf/1611.07962v1.pdf

Network Community Toolbox

http://commdetect.weebly.com/

SFNで教えてもらったツール。
こいつはすごそう。
次の解析はこれに挑戦。


追記
http://netwiki.amath.unc.edu/GenLouvain/GenLouvain

NITRC image repository

The NITRC image repository.
Kennedy DN, Haselgrove C, Riehl J, Preuss N, Buccigrossi R.
Neuroimage. 2016 Jan 1;124(Pt B):1069-73. doi: 10.1016/j.neuroimage.2015.05.074. Epub 2015 Jun 2.

" Currently hosting 14 projects, 6845 subjects, and 8285 MRIimaging sessions, NITRC-IR provides a large array of structural, diffusion and resting state MRI data."

もめーん。

ROC toolbox

https://github.com/jdkoen/roc_toolbox

もめん

脳波とfMRIの同時記録

https://amri.ninds.nih.gov/cgi-bin/software

脳波からMRIノイズを消すMatlabツール。

特定の領域だけでICAをかけるツール

MICA-A toolbox for masked independent component analysis of fMRI data.
Hum Brain Mapp. 2016 May 11;
Authors: Moher Alsady T, Blessing EM, Beissner F

FSLベースかな。

cocoa： macに対応

マックでも動くようにしました。
というか，いままでマックも動くものと思ってたら。。。
MRIconをインストールしてないmacでは動かないことに気づかず。
ご迷惑をおかけしました。

修正版アップしときます。
http://k1adversaria.blogspot.jp/p/fmri-comprehensive-connectivity.html
マックの場合，セキュリティでネットからダウンロードしたアプリに実行許可が必要かもしれません。

MR信号強度の影響

Intensity-based masking: A tool to improve functional connectivity results of resting-state fMRI.
Hum Brain Mapp. 2016 Mar 28;
Authors: Peer M, Abboud S, Hertz U, Amedi A, Arzy S

MR信号の強度減弱によって機能的結合も当然影響を受ける。
なので一定以上の信号値の領域だけマスクして機能的結合を計算するのがいんじゃねっと。
で，下記のスクリプト使ってねということらしい。
http://mind.huji.ac.il/intensity_based_masking.aspx

論文中の図だと扁桃体とかきれてんだけど。。

cocoa修正

なんか他のツールを使ったあと，cocoaを立ち上げるとGUIの配置がずれる現象を確認。
修正しました。

あとマカクのデータも処理できるようにしたけど，DARTELが使えなかったので古い手法で前処理してます。
また，マカクの場合はCONNとグラフ理論までしかできないです。

https://www.dropbox.com/s/2hwj2tteru2ywcp/cocoa.zip?dl=0

Multivariate and repeated measures (MRM): A new toolbox for dependent and multimodal group-level neuroimaging data.

Neuroimage. 2016 Feb 24. pii: S1053-8119(16)00162-2. doi: 10.1016/j.neuroimage.2016.02.053. [Epub ahead of print]
Multivariate and repeated measures (MRM): A new toolbox for dependent and multimodal group-level neuroimaging data.
McFarquhar M1, McKie S2, Emsley R3, Suckling J4, Elliott R2, Williams S5.


なにやらダウンロードするための手続きがめんどくさかった。
時間ができたらいじってみましょう。

cocoa

大人の事情で作ったツールだけど，迷惑はかけないようにちまっとバグ修正。
テンプレートにAAL2を追加。

環境によっては動いたり動かなかったりするみたい。

玄人さんは自分でやったほうが安全安心。

マカクのデータも処理できるように格闘中。

https://www.dropbox.com/s/2hwj2tteru2ywcp/cocoa.zip?dl=0

AAL2.niiの改良

AAL2R.nii
https://www.dropbox.com/s/5ke7rbyff3hrbpl/aal2R.nii?dl=0

AAL2R.txt
https://www.dropbox.com/s/mtse0vs3rf9czi1/aal2R.txt?dl=0

AAL2.niiはROIを分ける数値が2001から始まり，しかも+1ステップではなく，なにやらよくわからない法則で数値が割り当てられています。
CONNとかのツールボックスで使うときにいろいろめんどくさいので，ROIの数値を1から増加1で振り直しました。
せっかくなのでアップしときます。

cocoa： 安静時fMRIに興味あるけど解析面倒そうな研究者に向けたツールボックス

大人の事情により，安静時fMRI解析のマットラボツールボックスを作成しました。

Comprehensive Connectivity Analysis（cocoa）

安静時fMRIの解析は百花繚乱，群雄割拠なわけですが，比較的標準的な解析ができればいいやという研究者向けに，細かい設定なしに，またコマンドラインを使うことなく，わずか数回のクリックだけで解析ができるように作りました。

安静時fMRIの解析初級者から中級者向けです。


cocoaでできること

・標準的な事前処理（SPM）
・ROI-to-ROI解析，ROI-to-Voxel解析（CONN）
・グラフ理論解析（BCT）
・独立成分分析（GIFT，constrained ICAのみ対応）
・ReHo，ALFF解析（REST）

・複数被験者をいっぺんに解析
・複数セッションに対応

やっていることは，それぞれのツールボックスにパラメーター渡して自動で解析してもらっているだけです。


できないこと

・2nd level analysis

集団解析はできないので，SPMやNBSを使ってください。


安静時fMRIだけでなく，課題ベースのfMRIにおける前処理も簡単にできます。



作成時間1分のロゴ。そのうちもちっとましなのを作りたい。

ダウンロードはこちら。
https://www.dropbox.com/s/2hwj2tteru2ywcp/cocoa.zip?dl=0

簡易マニュアル
https://www.dropbox.com/s/njz55zibb3c7der/cocoa_manual.pdf?dl=0


インターフェースはこんな感じ。これ以外に設定はなし。



基本，出力先を決めて，Dicomフォルダを指定，解析に使うテンプレートを設定するだけ。

Nencki Affective Picture System (NAPS)

http://lobi.nencki.gov.pl/research/8/

もめのみ。

AALバージョンアップ

Implementation of a new parcellation of the orbitofrontal cortex in the automated anatomical labeling atlas.
Neuroimage. 2015 Aug 1;
Authors: Rolls ET, Joliot M, Tzourio-Mazoyer N

眼窩前頭前野を再度分類。。
http://www.gin.cnrs.fr/?lang=en
でAAL2をダウンロードできると書いてあったが発見できず。