Multivariate and repeated measures (MRM): A new toolbox for dependent and multimodal group-level neuroimaging data.

Neuroimage. 2016 Feb 24. pii: S1053-8119(16)00162-2. doi: 10.1016/j.neuroimage.2016.02.053. [Epub ahead of print]
Multivariate and repeated measures (MRM): A new toolbox for dependent and multimodal group-level neuroimaging data.
McFarquhar M1, McKie S2, Emsley R3, Suckling J4, Elliott R2, Williams S5.


なにやらダウンロードするための手続きがめんどくさかった。
時間ができたらいじってみましょう。

脳画像研究におけるグラフ理論の基礎

https://www.dropbox.com/s/gsejvvjczk03vhl/fMRI%E7%A0%94%E7%A9%B6%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%91%E3%82%8B%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E7%90%86%E8%AB%96%E3%81%AE%E5%9F%BA%E7%A4%8E_%E7%94%9F%E7%90%86%E5%BF%83%E7%90%86.pdf?dl=0

というわけで，総説のつもりがテクニカルレポートになってしまったモノの成れの果て。
数式を使わずにグラフ理論の各指標の説明にチャレンジしてみた。
生理心理に採択されたけど，雑誌に載るのはかなり先なので著者最終稿を置いておく。
誤脱が多くレビュワーの先生には迷惑をおかけしました。すいません。

cocoa

大人の事情で作ったツールだけど，迷惑はかけないようにちまっとバグ修正。
テンプレートにAAL2を追加。

環境によっては動いたり動かなかったりするみたい。

玄人さんは自分でやったほうが安全安心。

マカクのデータも処理できるように格闘中。

https://www.dropbox.com/s/2hwj2tteru2ywcp/cocoa.zip?dl=0

AAL2.niiの改良

AAL2R.nii
https://www.dropbox.com/s/5ke7rbyff3hrbpl/aal2R.nii?dl=0

AAL2R.txt
https://www.dropbox.com/s/mtse0vs3rf9czi1/aal2R.txt?dl=0

AAL2.niiはROIを分ける数値が2001から始まり，しかも+1ステップではなく，なにやらよくわからない法則で数値が割り当てられています。
CONNとかのツールボックスで使うときにいろいろめんどくさいので，ROIの数値を1から増加1で振り直しました。
せっかくなのでアップしときます。

安静時機能的結合は進行する認知機能と解剖学的結合によるゆらぎのどちらを反映するか？

Signature of consciousness in the dynamics of resting-state brain activity.
Barttfeld P, Uhrig L, Sitt JD, Sigman M, Jarraya B, Dehaene S.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Jan 20;112(3):887-92. doi: 10.1073/pnas.1418031112. Epub 2015 Jan 5. Erratum in: Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Sep 15;112(37):E5219-20.

ちと前のだけど備忘録。
マカクのデータ。
答えはもちろん両方になるわけだが。

麻酔科で意識がないときには，解剖学的結合のパターンと機能結合パターンが類似。
意識があるときほど，そのパターンからの解離が大きくなる。
意識（認知？）ってのは，脳内で直接結合していないプロセスを統合する過程を内包するってことかな。
となるとやはりIIT。。。

ICAによるノイズ除去は個人レベル？集団レベル？

Artifact removal in the context of group ICA: A comparison of single-subject and group approaches.
Hum Brain Mapp. 2016 Mar;37(3):1005-1025
Authors: Du Y, Allen EA, He H, Sui J, Wu L, Calhoun VD

集団レベルのほうがいいじゃね？とのこと。

脳のイメージング

http://www.amazon.co.jp/gp/product/4320057937?ie=UTF8&tag=kyoritsu-22&linkCode=as2&camp=247&creative=1211&creativeASIN=4320057937

早速購入。
ざっくり目を通したところ，図が豊富でわかりやすい。
脳計測に関する教科書として使えます。
欲を言えば電子版が欲しかった。