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2014-12-25

DynamicBC

中国勢から。
functional connectivityとeffective connectivityをそれぞれ算出できるっぽい。
http://restfmri.net/forum/DynamicBC



An approach for parcellating human cortical areas using resting-state correlations.

Wig GS, Laumann TO, Petersen SE.
Neuroimage. 2014 Jun;93 Pt 2:276-91. doi: 10.1016/j.neuroimage.2013.07.035.

rsfMRIで皮質を分離できると。
図を見る感じおもしろそうだけど使いドコロが思いつかず。
本文読んだら書いてあるかな。


対外的なメールで文末に”以上”と書いて送ってくる人いるが
こんな人と連絡とりたくないし,仕事したくない。
その人の業界だとそれが普通なのかもしれんけど,
外でもそれが大丈夫かどうか頭が回らないのはいかん。


2014-12-24

Transcranial direct current stimulation in mild cognitive impairment: Behavioral effects and neural mechanisms.

Meinzer M, Lindenberg R, Phan MT, Ulm L, Volk C, Flöel A.
Alzheimers Dement. 2014 Nov 20. pii: S1552-5260(14)02824-6. doi: 10.1016/j.jalz.2014.07.159.

tDCSをMCIに。


rsfMRI研究増えすぎてタイトルに目をとおすのも億劫になってきた。


TQG初めての熱い展開。
おもろかった。
ドライブはまー,もうあまり関心がない。
ヒロインはかわいい。


2014-12-18

Manifold learning on brain functional networks in aging.

Med Image Anal. 2014 Oct 30;
Authors: Qiu A, Lee A, Tan M, Chung MK

多様体学習なるものがあるらすい。


一日一パラグラフも進まないー。


2014-12-17

Testing group differences in brain functional connectivity: using correlations or partial correlations?

Brain Connect. 2014 Dec 10;
Authors: Kim J, Wozniak J, Pan W, Mueller BA

もめのみ。


あー師走。


2014-12-08

Stereoscopic Atlas of Intrinsic Brain Networks (SAIBN)

Stereoscopic three-dimensional visualization applied to multimodal brain images: clinical applications and a functional connectivity atlas.
Front Neurosci. 2014;8:328
Authors: Rojas GM, Gálvez M, Vega Potler N, Craddock RC, Margulies DS, Castellanos FX, Milham MP

3D表示ツール。
ROItoVoxel解析の結果表示に使える模様。
有意でないところが透過して、有意なところは色がつく仕組み。
有意な領域の中で、どこがピークかの情報が抜けおちるのはあまり好みではない。
従来どおりの表現のほうが好き。
ダウンロードも保留。
つーか時間ないし。


TQG、話が進む。
明くん離脱、以外に早かった。
グリッタ嬢いつまで引っ張るのだろうか。
クリスマスで何らかの動きがあるのかな。

ドライブはまた。


2014-12-03

ふんだらら

Toward systems neuroscience in mild cognitive impairment and Alzheimer's disease: A meta-analysis of 75 fMRI studies.
Hum Brain Mapp. 2014 Nov 19;
Authors: Li HJ, Hou XH, Liu HH, Yue CL, He Y, Zuo XN

メタ解析。


よくわからんけど,なんか多忙。
年末だから??


2014-11-25

海馬の安静時結合の亢進は加齢における神経認知的機能の障害の基盤となる

Elevated hippocampal resting-state connectivity underlies deficient neurocognitive function in aging
Alireza Salamia,b,c,1, Sara Pudasa,2, and Lars Nyberga,b,d
PNAS

Withinデザインで確認する必要があるね。



ドライブ,特に印象に残らず。
ヒロインかわいい。
TQGまだ見れてない。

レゴ,駅が鎮座。
フィグを並べるとなかなかよい感じ。
が,トレインがないのが残念。
クリスマスはトレインかな。

久しぶりに連休しっかり休めた。
さてがんばらねば。


2014-11-18

ネットワークのダイナミクス: 過剰同期の神経活動の出現における局所的ダイナミクスと大域ネットワークの役割

Dynamics on Networks: The Role of Local Dynamics and Global Networks on the Emergence of Hypersynchronous Neural Activity.
PLoS Comput Biol. 2014 Nov;10(11):e1003947
Authors: Schmidt H, Petkov G, Richardson MP, Terry JR


なんかおもろげ。


TQGはあきらくんが保護者的な立場になってて微笑ましす。
ひかりはほんとに中身小学生か?ってぐらい大人びとる。
グリッタ嬢関連の話は進まず。
ドライブはあまり印象に残らず。


明日からまた出張。
出張が続くと,合間で解析や論文書きを頑張るのがむずい。


2014-11-12

3テスラのMR環境において記録された脳波データからのパルスアーチファクトの除去。アーチファクト成分の作成におけるICAパラメータの設定: 安静時データへの適応

Removal of Pulse Artefact from EEG Data Recorded in MR Environment at 3T. Setting of ICA Parameters for Marking Artefactual Components: Application to Resting-State Data.
PLoS One. 2014;9(11):e112147
Authors: Maggioni E, Arrubla J, Warbrick T, Dammers J, Bianchi AM, Reni G, Tosetti M, Neuner I, Shah NJ

タイトル長いよ。


最近,旅費がでるトークが増えてきた。
ありがたいことだが,お金を出してもらう分,手が抜けないので大変。
ポスターなんかだと悪い意味で手の抜き方を覚えてしまっている。
初心は忘れないようにしたい(あくまで願望)。
力の入れどころは調整しないとやっていけないもの現実。


2014-11-10

無為症の回路: 機能的結合MRIからの洞察

The circuitry of abulia: Insights from functional connectivity MRI.
Siegel JS, Snyder AZ, Metcalf NV, Fucetola RP, Hacker CD, Shimony JS, Shulman GL, Corbetta M.
Neuroimage Clin. 2014 Sep 23;6:320-6. doi: 10.1016/j.nicl.2014.09.012. eCollection 2014.

ケーススタディ。
ACCが機能的結合異常を示す。
微妙にずれた文脈で引用されてた。
私が直接そんなことをいっているわけでない。


さてツールボックス開発の方は,一緒にやっていただている人に出雲に来てもらって打ち合わせ。
今年度末でベータバージョンで公開できるようにいろいろお願い。


TQG,前回かなり面白かったが,今回はシリアス展開。
グリッタ嬢復活のフラグが揃ってきた。
シュバルツが出した条件が気になる。
やはりロボの造形がいまいち。

ドライブもまーぼちぼち。
もうヒロインが可愛ければいいよ。

レゴ,はしご消防車を入手。
子供が昼寝している間に我慢できずに
作ってしまい,起きてから怒られた。
どうせ作るの私なのに。
建物と乗り物,ミニフィグがだいぶそろって
街っぽくなってきた。


2014-11-07

26時間の睡眠剥奪後における扁桃体の安静時機能的結合の変化

Altered Resting-State Amygdala Functional Connectivity after 36 Hours of Total Sleep Deprivation.
PLoS One. 2014;9(11):e112222
Authors: Shao Y, Lei Y, Wang L, Zhai T, Jin X, Ni W, Yang Y, Tan S, Wen B, Ye E, Yang Z

36時間なら起きていられるか。
意義がイマイチわからず。


なかなか結果がまとまらない。


2014-10-31

ボクセルサイズごとの次数行列における領域サイズの影響を低減するデータ駆動型手法

A data-driven method to reduce the impact of region size on degree metrics in voxel-wise functional brain networks.
Front Neurol. 2014;5:199
Authors: Liu C, Tian X

ななめよみではわからず。


グラフ理論まで組み合わせて何とかするか。


2014-10-30

しばらく

Imbalanced hippocampal functional networks associated with remitted geriatric depression and apolipoprotein E ε4 allele in nondemented elderly: a preliminary study.
J Affect Disord. 2014 Aug;164:5-13
Authors: Shu H, Yuan Y, Xie C, Bai F, You J, Li L, Li SJ, Zhang Z

間が開いた。
メモを残す気になる論文がなく。


後もうちょいなのだが多重比較補正をクリアできない。。
くまったなー

2014-10-24

アルツハイマー病における脳ネットワークハブの結合パターンの同定とマッピング

Identifying and Mapping Connectivity Patterns of Brain Network Hubs in Alzheimer's Disease.
Dai Z, Yan C, Li K, Wang Z, Wang J, Cao M, Lin Q, Shu N, Xia M, Bi Y, He Y.
Cereb Cortex. 2014 Oct 19.


もめのみ。


2014-10-20

高齢のapoE4およびapoE-KOマウスにおける安静時機能的結合変化

Resting-State Functional Connectivity Changes in Aging apoE4 and apoE-KO Mice.
J Neurosci. 2014 Oct 15;34(42):13963-75
Authors: Zerbi V, Wiesmann M, Emmerzaal TL, Jansen D, Van Beek M, Mutsaers MP, Beckmann CF, Heerschap A, Kiliaan AJ

アイデアは普通だが,労力や時間を考えるとJONか。
金もかかってるだろうな。


TQG今回は面白かった。
光のけん玉設定は空気だが,空手設定が出現。
来週はトカッチ回の模様。
非常にたのしみ。

ドライブはぼちぼち。
ルー大柴出てて笑う。
ヒロインが相変わらずかわいい。

レゴ,バイクショップとカフェが届いた。
どうやれば平穏に持ち帰って作成できるか。。
割引率を考えると,あとワンセットぐらいほしい。


2014-10-17

複数の脳マーカーが認知における年齢依存の変動と連関している

Multiple Brain Markers are Linked to Age-Related Variation in Cognition.
Cereb Cortex. 2014 Oct 14;
Authors: Hedden T, Schultz AP, Rieckmann A, Mormino EC, Johnson KA, Sperling RA, Buckner RL

MRIとPETで取れる指標をいろいろと。


ガス復活。
予想よりもはるかに早く復旧した。
和室と押入れの床剥がされて,床下作業に突入した時はどうなるかと心配した。
こう素早い仕事で対応してくれると,トラブルとはいえ気分はよい。
多謝。


2014-10-15

安静時機能的結合は神経フィードバックの反応を予測する

Front Behav Neurosci. 2014 Sep 24;8:338. doi: 10.3389/fnbeh.2014.00338. eCollection 2014.
Resting state functional connectivity predicts neurofeedback response.
Scheinost D1, Stoica T1, Wasylink S2, Gruner P2, Saksa J2, Pittenger C3, Hampson M1.

もめん。


住んでる部屋でガス漏れがあるとの連絡をもらい検査してもらう。
結局の破損場所が特定できずガス使用禁止となる。
これどうすんだ・・・
風呂とか炊事どうしよう。
ついてない。


2014-10-09

知性の頭頂-前頭統合理論に寄与する機能的脳ネットワーク

Functional Brain Networks Contributing to the Parieto-Frontal Integration Theory of Intelligence.
Vakhtin AA, Ryman SG, Flores RA, Jung RE.
Neuroimage. 2014 Oct 2. pii: S1053-8119(14)00797-6. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.09.055.

なんで頭頂-前頭の順なんだろ。
逆のほうがしっくりくるけど。
読めば書いてあるのだろうか?


日帰り出張3連チャン終わり。


学内の申請書をエイヤッと片付ける。
あたったら当たったで消費がメントス。


日をまたぐ前にケールとしよう。
いまさらテラフォマがおもろい。


2014-10-08

安静時fMRIを用いた脳の希薄なネットワークの同定

Identifying sparse connectivity patterns in the brain using resting-state fMRI.
Neuroimage. 2014 Oct 2;
Authors: Eavani H, Satterthwaite TD, Filipovych R, Gur RE, Gur RC, Davatzikos C

なめっただけでは全く理解できず。


なんかものがよく壊れる。。
どうやったらここが壊れるのって感じのとこがやられる。
不思議。


宿題終わってない。。
しゃーない。


TQGは,各人の思惑が錯綜して面白かった。
今回はゼットがつよかったし。
ボスはそれぐらいやってもらわんとね。


2014-10-07

安静時ネットワークは実行機能における共通した及び特異的な側面における個人差を予測する

Resting-state Networks Predict Individual Differences in Common and Specific Aspects of Executive Function.
Neuroimage. 2014 Oct 1;
Authors: Reineberg AE, Andrews-Hanna JR, Depue B, Friedman NP, Banich MT

間がアイた。


来月末の学会の飛行機と宿を予約するのが遅れ,
まともなところが残ってなかった。
がっくし。
聞きに行こうかとおもうセッションはわずか二つ。
行く意味あんのか。。


ドライブ始まる。
ヒロインが可愛い,二重丸。
さてどうなるやら。
TQGはまだ見てない。


2014-10-02

長時間安静時fMRIにおける低周波摂動振幅の安定性

Stability of low-frequency fluctuation amplitudes in prolonged resting-state fMRI.
Küblböck M, Woletz M, Höflich A, Sladky R, Kranz GS, Hoffmann A, Lanzenberger R, Windischberger C.
Neuroimage. 2014 Sep 22. pii: S1053-8119(14)00780-0. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.09.038.

結構安定している模様。


めんどっちい仕事が一個めどがついた。
後は不具合がでないことを祈るのみ。



2014-09-30

オープン(?)な人における中脳ネットワークの機能的結合の増加

Increased functional connectivity within mesocortical networks in open people.
Neuroimage. 2014 Sep 16;
Authors: Passamonti L, Terracciano A, Riccelli R, Donzuso G, Cerasa A, Vaccaro MG, Novellino F, Fera F, Quattrone A

openを一言で表すのはむずい。
図の作り方が参考になる。


今日明日は住民健診に出張る。
なんかいろいろ忘れてる気がするけど思い出せない。


2014-09-29

安静時ネットワークの側性化と年齢・性との関連

Lateralization of resting state networks and relationship to age and gender.
Agcaoglu O, Miller R, Mayer AR, Hugdahl K, Calhoun VD.
Neuroimage. 2014 Sep 18. pii: S1053-8119(14)00743-5. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.09.001.

もめのみ。


さて,やっとあいおぴ終了。
長い一週間でした。
毎日飲みに行ってた学会というのも初めてか。
いろいろあったけど,いい経験でした。
で,懐かしい人に会って,
意外な人に意外な展開があったり。


鎧武がついに終了。
ミッチーが許された感。
タカトラとねーさんにフラグ?
蛇足感は否めなかったが,悪くない。

TQGは30話,ザッツ中だるみ。
公式を見なければ話を思い出せないほどだた。
そろそろ変化がほしい。

ちょっち休みがないのがきつい。
今日はもう帰ろう。


2014-09-22

コネクトームを超えて: ダイノーム

Volume 83, Issue 6, p1319–1328, 17 September 2014
Beyond the Connectome: The Dynome
Nancy J. Kopellemail, Howard J. Gritton, Miles A. Whittington, Mark A. Kramer
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.neuron.2014.08.016

ツンドク入り。

いよいよ明日からあいおぴ。


鎧武あっさり決着ついた。
残った二人でどっかの星に旅立つとは。
カゲトラ兄さん生きてて歓喜。
これが最終回でいいような気もする。
来週何すんの?

TQG,シュバルツせこかった。
シュバルツには第三勢力としてもちっと
かっこよい存在でいてほしかった。
簡単に信じるライトもどうかと。


2014-09-19

周波数帯域ごとの脳波全脳結合と安静時fMRIの関連

Relating resting-state fMRI and EEG whole-brain connectomes across frequency bands.
Deligianni F, Centeno M, Carmichael DW, Clayden JD.
Front Neurosci. 2014 Aug 28;8:258. doi: 10.3389/fnins.2014.00258. eCollection 2014.

もめん。


perlの環境構築がうまくいかない。
いよいよ来週はあいおぴ。


2014-09-16

メモなし

新着でめぼしいのはなし。


アクセプトされる。
やっと片付いた。
これで本業のテーマに専念できる。


TQGはめずらしく面白かった。
トカッチがうざいw。
小学生で仲良かったグループの割には
噛み合ってない。
隙だらけなのに待ってあげる敵さんお約束すぎ。

鎧武,主人公も果実たべるのは予想外。
なぜか見た目は化け物化しないという謎の主人公補正。
ずるい。

勢いで鎧武とTQGの映画も見てきた。
結構面白かった。


2014-09-11

ヒト線条体の内的機能的組織の解明: 安静時fMRIに基づいた分割と結合の研究

Unravelling the Intrinsic Functional Organization of the Human Striatum: A Parcellation and Connectivity Study Based on Resting-State fMRI.
PLoS One. 2014;9(9):e106768
Authors: Jung WH, Jang JH, Park JW, Kim E, Goo EH, Im OS, Kwon JS

もめのみ。


対応のある相関係数の比較って何検定だろうか。
Maskingを適切にやればNBSで有意になる気配。
問題はそのMaskingが本当に適切かどうかだ。
もう一息。


手元にはLEGOミクセルシリーズ第3弾全9種。
そしてこのウェブページ。
http://blog.livedoor.jp/legolego05/archives/52640123.html
あとこっちも。
http://blog.livedoor.jp/legolego05/archives/52566750.html
週末時間があればつくろう。


2014-09-08

局所機能的結合はアルツハイマー病スペクトラムにおける異なる認知障害を予測する

Regional functional connectivity predicts distinct cognitive impairments in Alzheimer's disease spectrum.
Ranasinghe KG, Hinkley LB, Beagle AJ, Mizuiri D, Dowling AF, Honma SM, Finucane MM, Scherling C, Miller BL, Nagarajan SS, Vossel KA.
Neuroimage Clin. 2014 Jul 23;5:385-95. doi: 10.1016/j.nicl.2014.07.006. eCollection 2014.

もめのみ。


解析は相変わらず一進一退。
予算消化も頭が痛い。


TQG,TQ1号の新コスださい。
鎧武,カイトはなぜバナナマンになるのか。
最初から化け物化して全力を尽くせよ。


2014-09-05

ヒト脳の機能的結合とモデュラリティにおける年齢に関連した再構築的変化

Age-related Reorganizational Changes in Modularity and Functional Connectivity of Human Brain Networks.
Brain Connect. 2014 Sep 2;
Authors: Song J, Birn R, Boly M, Meier TB, Nair VA, Meyerand ME, Prabhakaran V

もめのみ。


Network based statisticsでもうちょいなんだけどな。
書き方しだいでなんとかなるかなー。


さて出張。


2014-09-02

機能的脳結合の力学の行動的関連

Behavioral relevance of the dynamics of functional brain connectome.
Brain Connect. 2014 Aug 27;
Authors: Jia H, Hu X, Deshpande G

めものみ。


日曜に11人測定して共同研究のデータとり終了。
信用できる人と一緒にやるとらくでよい。


鎧武はカイトがバケモノ(?)化。
しかし人間形態にも戻れるという便利仕様。
ドクターはあっさり退場。
カイトの覚醒を促してお役目修了ってことか。
主人公は死んだと見せかけて,どうせ生きてるんだろうけど。
ミッチー壊れる。
かげとらもうでてこないのかなー。
さてどうオチをつけるのか。

TQGは温泉回。
ぼちぼち。

2014-08-27

選択的相関; まじないでなく

Selective Correlations; Not Voodoo.
Neuroimage. 2014 Aug 18;
Authors: Rosenblatt JD, Benjamini Y

タイトルでツンドク入り。
あぶすともよんでない。


倫理審査がめんどい。
被験者が自主的にある種の検査セットを受けにきているとき
特に被験者に不利益のない,短時間で終わる検査を追加するのに,
そのコストや時間を大きく上回るインフォームドコンセントを
そのためだけに取らないといけないのが現状。
被験者の不利益にならないように倫理審査やってるはずなのに
結果として被験者の負担は増える。
なんだかな。
薬の治験のようなものが医学倫理審査の基準となってて
あまり融通がきかない感じ。


2014-08-26

安静時fMRIにおける機械学習分類の一般化可能性

On the generalizability of resting-state fMRI machine learning classifiers.
Huf W, Kalcher K, Boubela RN, Rath G, Vecsei A, Filzmoser P, Moser E.
Front Hum Neurosci. 2014 Jul 29;8:502. doi: 10.3389/fnhum.2014.00502. eCollection 2014.

つまるところ,1siteのデータで機械学習やってもoverestimateだからマルチサイトでやりんさい,が結論の模様。
同意。



2014-08-25

ヒト生存期間における安静時ネットワークの構造的・機能的結合の変化

Changes in structural and functional connectivity among resting-state networks across the human lifespan.
Betzel RF, Byrge L, He Y, Goñi J, Zuo XN, Sporns O.
Neuroimage. 2014 Aug 7. pii: S1053-8119(14)00650-8. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.07.067.

ん,引用してくれたのはいいけど
名前はまちがえないでほしいね。


意識をめぐる冒険をぽちり,今日到着。
帯でげんなりしたことは言うまでもない。
すばらしい中身とは関係ないので,サクッと捨てる。
まだ前作も読み終わってないのにどうしたものか。


鎧武,主人公は覚悟決めたはずなのに
またぐだぐだやりやがった。
うっとおしい。
カイトは極論すぎ。
ラスボスはカイトっぽい。
予告の造形みるかぎりカッコ悪い。

TQGはトカッチとミオがいい感じ。
でも実ることはなさそう。


2014-08-20

462人の双子における安静時fMRI中の頭部運動の遺伝率

Heritability of head motion during resting state functional MRI in 462 healthy twins.
Neuroimage. 2014 Aug 12;
Authors: Couvy-Duchesne B, Blokland GA, Hickie IB, Thompson PM, Martin NG, de Zubicaray GI, McMahon KL, Wright MJ

頭部運動は前処理で完全に除去できない。
また,双子で相関あり。
頭部運動そのものが疾患とかの指標になる可能性。


倫理審査のための申請書作成が手強い。
被験者に不利益がなければ,
全体の効率を優先するような手続きも
認めてはもらえんのだろうか。
同意をとるための時間やコスト>>>>データを取るための時間やコスト
になっててほんとどうかと思う。


2014-08-18

安静時ネットワークの包括的評価: 認知症の脳ネットワークにおける機能的整合性の双方向調整

A comprehensive assessment of resting state networks: bidirectional modification of functional integrity in cerebro-cerebellar networks in dementia.
Front Neurosci. 2014;8:223
Authors: Castellazzi G, Palesi F, Casali S, Vitali P, Sinforiani E, Wheeler-Kingshott CA, D'Angelo E

もめん。


うつとアパシーの違いが出ない。。
これは根本から発想の転換が必要そう。


鎧武は展開が速かった。
オーバーロードがみんな死んでしまうし。
王様あんなに強かったのに不意打ちの一撃で
死亡とはなさけない。
まだ何話かあるけどラスボス誰になるんだろ。
カイトかなー。
グリドンたちがちょこちょこ役目をはたしてていい感じ。

TQGはあんまり記憶になし。
乗り換えの意義があったぐらいか。


2014-08-11

視床下核の安静時機能結合における年齢に関連したシフト

An age-related shift of resting-state functional connectivity of the subthalamic nucleus: a potential mechanism for compensating motor performance decline in older adults.
Front Aging Neurosci. 2014;6:178
Authors: Mathys C, Hoffstaedter F, Caspers J, Caspers S, Südmeyer M, Grefkes C, Eickhoff SB, Langner R

めものみ。


スカイプミーティングなど。
それがらみで昔のデータを発掘してたら,
HDDを認識せず。
データががががが。。。
サルベージ屋さんを探さねば。


院志望の方と面談。


TQGでは皇帝ふっかーつ。
はやかった。
ロボは全部合体。
相変わらず造形はいまいち。

鎧武では主人公にやっとこさ覚悟ができた模様。
おそいよ。
ミッチー対カイトが楽しみ。


さすがに疲れたので帰ろう。


2014-08-08

大規模fMRIデータセットに対する集団PCA

Group-PCA for very large fMRI datasets.
Neuroimage. 2014 Aug 2;
Authors: Smith SM, Hyvärinen A, Varoquaux G, Miller KL, Beckmann CF

いろいろとデータベースが使えるようになってきたから,
この辺の技術は必要だよね。
というかツールボックスはよ。

展望はなんとなく初稿がかけた。
寝かせよう。

ADNIデータはDICOMの保存形式が
施設ごとに違ってめんどくさい。
4Dはやめてくれ。
スクリプトが止まりまくり。


2014-08-07

J-ADNI備忘録

J-ADNIで実際の画像データが登録されるでろうサイトを発見。
http://bidb.biosciencedbc.jp/download/j-adni-download
http://humandbs.biosciencedbc.jp/
実際には下のサイトを利用するみたい。

しかし,多分事件の影響でいまだ利用できず。
これはrsfMRIまでは期待できんかもね。
というかプロトコルに入っているのか?


2014-08-06

個人化された安静時ネットワークとROIにおける結合性の分析結果

Connectomic Profiles for Individualized Resting State Networks and ROIs.
Brain Connect. 2014 Aug 4;
Authors: Li K, Langley J, Li Z, Hu X

もめん。


リバイズを投稿。
頼むからこれで終わって欲しい。


大きな計画に組み込まれる。
話が大きすぎて何がなんやら。


2014-08-05

ヒト皮質における自発的相関のパターンと神経認知的バイアス

Trends Cogn Sci. 2013 Dec;17(12):606-15. doi: 10.1016/j.tics.2013.09.014.
Neurocognitive biases and the patterns of spontaneous correlations in the human cortex.
Harmelech T1, Malach R.

つんどく。


校閲がもどってきた。
ライティングはまだまだの模様。


2014-08-04

脳機能ネットワークの群間差異に対する統計検定の比較

Comparison of Statistical Tests for Group Differences in Brain Functional Networks.
Neuroimage. 2014 Jul 30;
Authors: Kim J, Wozniak JR, Mueller BA, Shen X, Pan W

ツンドク。


日曜日にM2君の実験が終了。
一人目でトラブったものの20名のデータがとれた。
予測どおりの結果になるか。。


TQGと鎧武はお休み。
残念。

ゴジラ鑑賞。
事前の情報収集を何もしないで見入ったら,
違う怪獣も出てきてびっくりした。
ハリウッド的な適当さは気になったけど,
勢いがあっておもしろかった。
結局人間側は何も役にたってないのが良かった。


2014-07-31

住民ベースのドイツコホート解釈と1000脳のデザインにおけるヒト脳の加齢における変異性の研究

Studying variability in human brain aging in a population-based German cohort-rationale and design of 1000BRAINS.
Caspers S, Moebus S, Lux S, Pundt N, Schütz H, Mühleisen TW, Gras V, Eickhoff SB, Romanzetti S, Stöcker T, Stirnberg R, Kirlangic ME, Minnerop M, Pieperhoff P, Mödder U, Das S, Evans AC, Jöckel KH, Erbel R, Cichon S, Nöthen MM, Sturma D, Bauer A, Jon Shah N, Zilles K, Amunts K.
Front Aging Neurosci. 2014 Jul 14;6:149. doi: 10.3389/fnagi.2014.00149. eCollection 2014.


高齢者データベース。
DIT,rsfMRI,T1など。
神経心理学的検査も。

住民ベースというのが強い。
うちは脳ドックベースだから何かしら偏ってはいそう。

アクセスはここからも模様。もめ。
http://mcin-cnim.ca/neuroimagingtechnologies/loris/


リバイズは英文校閲に投げたので,開発再開。
こっちの仕事の方が楽しい。


2014-07-28

ALSとbvFTDの機能的重複と逸脱

Functional overlap and divergence between ALS and bvFTD.
Neurobiol Aging. 2014 Jun 28;
Authors: Trojsi F, Esposito F, de Stefano M, Buonanno D, Conforti FL, Corbo D, Piccirillo G, Cirillo M, Monsurrò MR, Montella P, Tedeschi G

タイトルに略語なんてふんだらら。


やっとリバイズの終わりが見えてきた。
急がねばねば。


TQGがおもろかった。
グリッタ嬢強し。
皇帝なさけなす。復活するだろうけど。
TQGの5人は子供説濃厚。

鎧武は主人公イラッ☆が止まらない。
相変わらず次回予告が一番おもろい。


2014-07-23

あああああ

Lewy body compared with Alzheimer dementia is associated with decreased functional connectivity in resting state networks.
Psychiatry Res. 2014 Jun 27;
Authors: Lowther ER, O'Brien JT, Firbank MJ, Blamire AM

もめん。


レビュワー二人目は落とすためにいちゃもんつけてるだけだ。
でもリビジョンになったから答えんといかんとは逆にしんどい。
一進一退。


食洗機買わねば(宣言)。


2014-07-22

BOLD信号の機序と意味の連結: 状況報告

Coupling Mechanism and Significance of the BOLD Signal: A Status Report.
Annu Rev Neurosci. 2014 Jul 8;37:161-181
Authors: Hillman EM


積んでおきたいがPDF取れず。


TQG,ミオがよかった。
男衆もかっこいいのがそろっている。
カグラはもっとおすまし顔してほしい。
鎧武ではリョウマが帰還。
なんで半ズボンなのか。
ミッチーの壊れっぷりもよい。
主人公のウザさは変わらず。


2014-07-17

脳卒中における安静時fMRIの価値

The Value of Resting-State Functional Magnetic Resonance Imaging in Stroke.
Stroke. 2014 Jul 10;
Authors: Ovadia-Caro S, Margulies DS, Villringer A

れびゅ。


すすまない。
今日は1行も進まなかった。
やばい。


2014-07-16

運動関連の脳機能的結合はアーチファクトと本物の神経活動の双方を反映するか?

Does motion-related brain functional connectivity reflect both artifacts and genuine neural activity?
Neuroimage. 2014 Jul 3;
Authors: Pujol J, Macià D, Blanco-Hinojo L, Martínez-Vilavella G, Sunyer J, de la Torre R, Caixàs A, Martín-Santos R, Deus J, Harrison BJ

もめのみ。


この時期に八千字とかむり。
会費はらってないのに。。
一度も出たことないのに。。
うがー。


2014-07-15

AD関連3本

Recognition memory is associated with altered resting-state functional connectivity in people at genetic risk for Alzheimer's disease.
Matura S, Prvulovic D, Butz M, Hartmann D, Sepanski B, Linnemann K, Oertel-Knöchel V, Karakaya T, Fußer F, Pantel J, van de Ven V.
Eur J Neurosci. 2014 Jul 3. doi: 10.1111/ejn.12659.

A study of structural and functional connectivity in early Alzheimer's disease using rest fMRI and diffusion tensor imaging.
Balachandar R, John JP, Saini J, Kumar KJ, Joshi H, Sadanand S, Aiyappan S, Sivakumar PT, Loganathan S, Varghese M, Bharath S.
Int J Geriatr Psychiatry. 2014 Jul 3. doi: 10.1002/gps.4168.

Disrupted Intrinsic Networks Link Amyloid-β Pathology and Impaired Cognition in Prodromal Alzheimer's Disease.
Koch K, Myers NE, Göttler J, Pasquini L, Grimmer T, Förster S, Manoliu A, Neitzel J, Kurz A, Förstl H, Riedl V, Wohlschläger AM, Drzezga A, Sorg C.
Cereb Cortex. 2014 Jul 4. pii: bhu151.

もめのみ。


修正が全然進まない。
自分でも質がいまいちと感じる論文を直すのは苦痛。
でもこれを片付けんと,次に進めない。


2014-07-14

時間的に分解された安静時脳ネットワーク

Time-resolved resting-state brain networks.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Jun 30;
Authors: Zalesky A, Fornito A, Cocchi L, Gollo LL, Breakspear M

もめのみ。


新WS作って,いろいろ設定したまでは良かった。
が,解析環境そのものを移行する手間を
考えるとめんどくさくて移行できない。
ネットなしのXPじゃめんどくさい。
でも移行めんどくさい。


TQGはぼちぼち。
そろそろ中だるみに突入か。
鎧武は閑話休題。
前回のシリアス展開から一転,
ストーリー的にはどーでもいい話。
予告が本編的って感じ。

しかし,捕鯨が終わる気配がない。
ボス到達率さえ下がってる希ガス。
地道にやるしかあるまい。


2014-07-11

安静時fMRIにおける力動的二変量相関の評価: 比較研究と新たなアプローチ

Evaluating Dynamic Bivariate Correlations in Resting-state fMRI: A comparison study and a new approach.
Neuroimage. 2014 Jun 30;
Authors: Lindquist MA, Xu Y, Nebel MB, Caffo BS

もめのみ。


さて明日は前座で短いトークが1件。
しんどくはないがアウェー?なので落ち着かない。


さっさと終わらせたい仕事をOAに投げていたが,
今週メジャーリビジョンで戻ってきた。
直せばなんとかなりそうだけどやっぱ凹む。
何本書いてもこれは変わらない。


東京駅にレゴショップがあることを知る。
出張時にちょっくら寄ろう。



2014-07-08

MRI

sigma HDx 3.0T, GE
1.5T-MRI MAGNETOM symphonySiemens
備忘録


2014-07-07

レビュー論文: 経時的に変化する安静時機能的結合の神経基盤

Review Article: The Neural Basis of Time-Varying Resting State Functional Connectivity.
Brain Connect. 2014 Jun 29;
Authors: Keilholz SD

なんとなくツンドク。
アブストさえ読んでないけど。


さて週が開けた。
週末の貯金を一気に吐き出した模様。
これからしばらく週末休めない。
いいや,レビューは後回しだ。


TQGはいずこ?
鎧武の兄弟対決はなかなか良かった。
ミッチーがやられればよかったのに。
ストーリー上致し方なし。


2014-07-03

WU-Minn Human Connectome Project

http://www.humanconnectome.org/
データベース,DB,database
拡散強調画像あり
500例程度。


GingerALE Version 2.3.2

http://www.brainmap.org/ale/
メタ解析ツール


ヒトのコネクトミクスにおけるツールとしての内的機能的結合: 理論,性質,及び最適化

J Neurophysiol. 2010 Jan;103(1):297-321. doi: 10.1152/jn.00783.2009. Epub 2009 Nov 4.
Intrinsic functional connectivity as a tool for human connectomics: theory, properties, and optimization.
Van Dijk KR1, Hedden T, Venkataraman A, Evans KC, Lazar SW, Buckner RL.

測定や解析におけるパラメータの経験的最適値を提供。

時間は5分で十分。
TRやボクセルサイズは通常範囲であればあまり影響なし。
開眼で視点固定だと機能的結合は強い相関を維持。


2014-07-01

機能的結合の主成分: 安静時のダイナミックな脳結合を研究するための新たなアプローチ

Principal components of functional connectivity: a new approach to study dynamic brain connectivity during rest.
Leonardi N, Richiardi J, Gschwind M, Simioni S, Annoni JM, Schluep M, Vuilleumier P, Van De Ville D.
Neuroimage. 2013 Dec;83:937-50. doi: 10.1016/j.neuroimage.2013.07.019.

もめん。
アブスト読む暇もナス。


新しい解析用WS組んだので,セッティング中。
3つのPCを行き来するので,エライことになってきた。
シナジーやドコデモでマウス・キーボード共有していたが,
MSのMouseWithoutBordersに乗り換えることにした。
いまのところ不具合なくいい感じ。


トドリスト
8000字原稿
10万件超のビックデータの解析
ADのrsfMRI解析
解析ソフトウェア開発
んー,どれから手をつけてよいやら。


2014-06-30

安静時ネットワーク間の情報処理の指標としてのネットワークの複雑さ: HumanConnectomeProjectからの知見

Network complexity as a measure of information processing across resting-state networks: evidence from the Human Connectome Project.
Front Hum Neurosci. 2014;8:409
Authors: McDonough IM, Nashiro K

もめのみ。


レクチャーひとつ,授業二つを一日ではしんどかった。
大学院の正規授業とか2名しかいないし。
これ隔年とかにできんのか??


鎧武,ミッチーがアホすぎて見てられん。
来週は兄弟みたいなので楽しみ。
TQGは六人目が戦隊に馴染む回。
登場→打ち解け→新ロボの流れは鉄板か。


2014-06-26

階層的マルコフランダムフィールドを用いた安静時fMRIの機能的ネットワーク評価法

A Functional Networks Estimation Method of Resting-State fMRI Using a Hierarchical Markov Random Field.
Neuroimage. 2014 Jun 17;
Authors: Liu W, Awate SP, Anderson JS, Fletcher PT

すさまじい頑健さ。
これ使いたい。
ツンドク。


あー査読のことすっかり忘れてた。
明日にしよう。


2014-06-23

機能的結合と局所血流におけるサーカディアン及び恒常的調整

J Cereb Blood Flow Metab. 2014 Jun 18. doi: 10.1038/jcbfm.2014.109. [Epub ahead of print]
Circadian and homeostatic modulation of functional connectivity and regional cerebral blood flow in humans under normal entrained conditions.
Hodkinson DJ1, O'Daly O1, Zunszain PA2, Pariante CM2, Lazurenko V1, Zelaya FO1, Howard MA1, Williams SC1.

このアブストはあまり良くない。
真似してはいけない。

最近仕事で大量に英語抄録を読んだので,
なんとなく抄録の質の判断ができるようになった気がする。
やっぱり質の高い抄録ってのは読むだけで全容が想像しやすい感じ。
いいもん見つけたので自分用備忘録。
http://www.cbs.umn.edu/sites/default/files/public/downloads/Annotated_Nature_abstract.pdf
<<アブスト 書き方 abstract how to>>


TQG六人目は割りと良かった。
関根さんもそのうちTQGになる前ふりなのか?
鎧武はミッチーが死亡フラグ立てまくってる。
どう決着をつけるのやら。


2014-06-20

脳梗塞後の認知的回復におけるデフォルトうんたん

Significance of longitudinal changes in the default-mode network for cognitive recovery after stroke.
Eur J Neurosci. 2014 Jun 16;
Authors: Park JY, Kim YH, Chang WH, Park CH, Shin YI, Kim ST, Pascual-Leone A

うんたん。


prontoをスクリプトで動かすことができた。
matlabのcfg?じゃなくて,prontoのcfgっぽいもの(?)を介して動かす模様。
とりあえずADNIデータでパラメーターを作って,
それをうちのデータに適用という流れがだいぶできてきた。
当然ADNIでは高い感度特異度がでるが,
うちのデータに適用するとさっぱり。
バランスを取るのが非常にむずい。
試行錯誤しかないのか。
もちっとスマートになんとかならんか。


2014-06-19

グローバルの保存: fMRIによる臨床集団の研究における道具としてのグローバル信号の結合

Save the global: global signal connectivity as a tool for studying clinical populations with fMRI.
Brain Connect. 2014 Jun 12;
Authors: Hahamy A, Calhoun V, Pearlson G, Harel M, Stern N, Atar F, Malach R, Salomon R

global signal connectivityってなんじゃらほい。
この論文ではglobal signalがschizophreniaと関連していたっぽい。


prontoをscript上で使うのがうまくいかない。
ここは絶対に避けて通れない。
matlabbatchのGUIだと動くのに,
scriptだとjobを実行してくれない。
なぜだ。


2014-06-16

安静時機能的ネットワーク検出におけるSVMに基づく量的fMRI手法

A SVM-based quantitative fMRI method for resting-state functional network detection.
Magn Reson Imaging. 2014 Apr 13;
Authors: Song X, Chen NK

うんたんうんたん。


離島から土曜に帰出雲。
帰るだけで一日潰れた。


TQGと鎧武はお休みだったらしい。
ざむねむ。


2014-06-09

ヒトとマカクの結合間のギャップの架け橋: 全般的な構造-機能的関連とネットワークトポロジーの種間量的比較

J Neurosci. 2014 Apr 16;34(16):5552-63. doi: 10.1523/JNEUROSCI.4229-13.2014.
Bridging the gap between the human and macaque connectome: a quantitative comparison of global interspecies structure-function relationships and network topology.
Miranda-Dominguez O1, Mills BD, Grayson D, Woodall A, Grant KA, Kroenke CD, Fair DA.

”The data showed topological agreement across the species, with nodes of the posterior cingulate showing high degree and betweenness centrality. In contrast, nodes in medial frontal and parietal cortices were identified as having high degree and betweenness in the human as opposed to the macaque. ”
なる。


主人公補正がなかったら,戒斗のほうが強いんじゃなかろうか。
主人公ってば他人から力もらってグダグダやってるだけ。
TQGはついに予告で六人目が登場。


2014-06-06

安静時ネットワークは複数の神経パターンで構成される: fMRI研究

Resting network is composed of more than one neural pattern: an fMRI study.
Neuroscience. 2014 May 29;
Authors: Lee TW, Northoff G, Wu YT

もめのみ。


ADNIデータ62人分をぶん回すプログラム書いた。
問題なければ日曜午後には終わっているはず。
解析した気になった。
抄録のネタはこれを元に考える。


びすまるくげっとん。


2014-06-05

アルツハイマー病において,代謝低下がうんたんうんたん

In Alzheimer's disease, hypometabolism in low-amyloid brain regions may be a functional consequence of pathologies in connected brain regions.
Brain Connect. 2014 May 28;
Authors: Klupp E, Förster S, Grimmer T, Tahmasian M, Yakushev I, Sorg C, Yousefi B, Drzezga A

もめのみ。
複合スタディ。


なれない仕事で丸一日が終了。
来週LAN環境なしの出張が3日間あるので,
それまでいろいろ片付けなければやばし。
明日は解析しよう。


2014-06-04

SPSSにおけるExcelビックデータの読み込み

うまくいかないことが多い。
数値だけのデータならまだしもテキストが入ってるデータだとむずい。
とりあえず,セル内改行を取っ払ってcsvに変換してから読み込むとうまくいくことを確認。
うまく読み込ませるだけで半日かかってしまった。
めもめも。

自分用検索ワード
SPSS,spss,EXCEL,excel,エクセル,変換,読み込み,csv,CSV


2014-06-03

安静時と課題条件における機能的ネットワーク結合: 比較研究

Functional network connectivity during rest and task conditions: a comparative study.
Hum Brain Mapp. 2013 Nov;34(11):2959-71
Authors: Arbabshirani MR, Havlicek M, Kiehl KA, Pearlson GD, Calhoun VD

うむ。


眠い。
いろいろと重なってミスしそうで怖い。


2014-06-02

安静時fMRIのノードとモードにおいて

On nodes and modes in resting state fMRI.
Friston KJ, Kahan J, Razi A, Stephan KE, Sporns O.
Neuroimage. 2014 May 23. pii: S1053-8119(14)00421-2. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.05.056.

FristonとSporns揃い踏み
著者名だけでツンドク入り。


久しぶりに丸一日休めた。
アメイジング・スパイダーマン2を見に行く。
時間の関係で吹き替えだったのが悔やまれる。
が,頭空っぽにして楽しめた。

鎧武は大将軍のお姿みて笑う。
カッチョワルイ。
TQGはぼちぼち。
追加戦士のよかん。



2014-05-30

顕著性ネットワークはデフォルトモードネットワークと中央実行ネットワークの切り替えに関与している: DCMによる再現

The Salience Network is responsible for switching between the Default Mode Network and the Central Executive Network: Replication from DCM.
Neuroimage. 2014 May 23;
Authors: Goulden N, Khusnulina A, Davis NJ, Bracewell RM, Bokde AL, McNulty JP, Mullins PG

中央実行ネットワークという呼び方に違和感。
実行制御のほうがしっくりくる。


原稿の方はお世話になってる先生のコメントを受けて修正。
さらに一段落追加。
また寝かせてブラシュアプすべ。


2014-05-28

ADの認知に関連するネットワーク結合の柔軟な調節

Flexible modulation of network connectivity related to cognition in Alzheimer's disease.
Neuroimage. 2014 May 19;
Authors: McLaren DG, Sperling RA, Atri A

いまいちなやく。


なんとなく通しで動くようになってきた。
とりあえずコードの可読性,メンテ性を高めねばなるまいて。


2014-05-27

ADNIデータベースにおけるスパース表現を介した内的結合成分

Intrinsic Functional Component Analysis via Sparse Representation on ADNI Database.
Brain Connect. 2014 May 21;
Authors: Jiang X, Zhang X, Zhu D

もめのみ。


脳ネットワークのグラフをぐりぐり回し中。
なんでBrainNetを使ってなかったのか思い出した。
エッジの色を替えるのが難しいからだ。



2014-05-26

APOEがどーたらこーたら

The Effect of APOE ε4 Allele on Cholinesterase Inhibitors in Patients With Alzheimer Disease: Evaluation of the Feasibility of Resting State Functional Connectivity Magnetic Resonance Imaging.
Alzheimer Dis Assoc Disord. 2014 Apr-Jun;28(2):122-7
Authors: Wang L, Day J, Roe CM, Brier MR, Thomas JB, Benzinger TL, Morris JC, Ances BM


タイトル訳すら元気なし。


某局の取材対応で一日が過ぎた。
科学番組を作る方ってのはよく勉強されている。
すごす。
学会準備も山越えたとはいえ,慢性的に続く。


TQGタイホされてて笑う。
ライトのキャラが絶賛崩壊中。
鎧武はシド退場。
Dr凌馬は司令室に篭ってるのに
変身しているという小物っぷりを晒す。


2014-05-24

越えた

私的にはあいおぴで一番でっかい山場を越えた。
あとはそれよりはましな(小さくはない)山がいくつか。
見えてなだけでまだでっかい山になるかもしれんけど。
とりあえず今日は残務処理して,あしたはがっつり休む。


2014-05-21

機会学習技術による急性脳卒中における運動障害の神経画像マーカーの同定

Identifying Neuroimaging Markers of Motor Disability in Acute Stroke by Machine Learning Techniques.
Cereb Cortex. 2014 May 16;
Authors: Rehme AK, Volz LJ, Feis DL, Bomilcar-Focke I, Liebig T, Eickhoff SB, Fink GR, Grefkes C

もめん。


先週末出張で休んでないため,曜日の感覚をなくす。
結果,水曜の行事なのに間違えて火曜に行くという失態。
あほす。

取材依頼への対応であたふた。

英語のメールって文法に気を取られて,全体の構成とかわかりやすさに対する配慮が欠けてしまう。
むっかしー。

原稿のほうは,カラーの図を作る。
とりあえず誰かに見てもらわネバダ。


2014-05-19

多変量・多面的枠組みを用いた脳の解剖と認知能力の関連付け

Relating brain anatomy and cognitive ability using a multivariate multimodal framework.
Neuroimage. 2014 May 13;
Authors: Cook PA, McMillan CT, Avants BB, Peelle JE, Gee JC, Grossman M

もめのみ。


学会から帰る。
一番重要なミッションはかなり満足。
なんとかなりそう気配。
原稿はカラーを使ってもよいが,争奪戦とのこと。
さっさと完成せねば。
あいおぴは今週から来月までが山。
これを乗り切れば私的には役目は果たしたことになるっぽい。


鎧武は外伝的な感じ。
あ,TQGみてない。


2014-05-14

APOE遺伝子型,性,年齢は健常成人における海馬の結合を調整する

Apolipoprotein E genotype, gender and age modulate connectivity of the hippocampus in healthy adults.
Neuroimage. 2014 May 6;
Authors: Heise V, Filippini N, Trachtenberg AJ, Suri S, Ebmeier KP, Mackay CE

もめん。



タカトラやっぱり生きてた。
思ったより軽傷。
思惑がいろいろ交錯して面白くなってきた。
TQGはそろそろ追加戦士がほしい。


2014-05-13

健忘性軽度認知障害とアルツハイマー病における機能的脳結合変化と構造的結合との関連

Disrupted functional brain connectivity and its association to structural connectivity in amnestic mild cognitive impairment and Alzheimer's disease.
Sun Y, Yin Q, Fang R, Yan X, Wang Y, Bezerianos A, Tang H, Miao F, Sun J.
PLoS One. 2014 May 7;9(5):e96505. doi: 10.1371/journal.pone.0096505. eCollection 2014.

めも。


祖母急遽のため帰省。
ま,95歳なので大往生。
夕方3時に出て,着いたの深夜2時。
しんどす。
とりあえずたまった仕事を片付る。


2014-05-08

健忘性軽度認知障害における低周波振動振幅と灰白質容積の変化: 複数形式の統合的研究

Changes of gray matter volume and amplitude of low-frequency oscillations in amnestic MCI: An integrative multi-modal MRI study.
Acta Radiol. 2014 May 2;
Authors: Zhao ZL, Fan FM, Lu J, Li HJ, Jia LF, Han Y, Li KC

めものみ。


なんとなく初稿はできた。
カラーが使えるかわからんので
図は一つだけまだ作ってない。
しばらく寝かせてまた推敲すべ。
アプリ開発にもどる。


イベントはなんとかクリア。
すべてクリアできたのは初。
レベリングに勤しむとする。


2014-05-07

ドーパミン信号の分子レベルfMRI

Molecular-Level Functional Magnetic Resonance Imaging of Dopaminergic Signaling.
Science. 2014 May 2;344(6183):533-535
Authors: Lee T, Cai LX, Lelyveld VS, Hai A, Jasanoff A

すいえんす。
これヒトでできるかな。


GWは仕事して,
シンケンジャーみて(名作だった),
ちっさい山に登って終わった。
疲れは抜けず。


2014-05-02

離れた皮質領域の機能的結合: なんたらかんたら

Functional connectivity of distant cortical regions: Role of remote synchronization and symmetry in interactions.
Neuroimage. 2014 Apr 23;
Authors: Vuksanović V, Hövel P


タイトル訳すらやる元気なし。


一日に一段落,図一つ作るのが精一杯。
終わるのかこれ?
アプリ開発の方はまったく手が付けられない。


2014-05-01

マルチボクセルと単変量解析の違いは何を意味するか? 被験者-,ボクセル-,試行-レベルの分散がfMRI解析にどのように影響するか?

What do differences between multi-voxel and univariate analysis mean? How subject-, voxel-, and trial-level variance impact fMRI analysis.
Neuroimage. 2014 Apr 21;
Authors: Davis T, Larocque KF, Mumford J, Norman KA, Wagner AD, Poldrack RA

これは気になる。
アブスト眺めずタイトルだけでめでたくツンドク入り。


教科書的なものは書いたことがないので,
どうやったら平易な表現になるのか格闘中。
硬い,相変わらず硬い。
なるべく正確に書こうとおもうと硬くなるよ。
どうしたもんやら。


2014-04-30

ランダムネットワークの作成

********************************
function M=randomize_matrix(M)

s=size(M);
mask=triu(ones(s),1);
mask=reshape(mask,[s(1)^2 1]);
I=find(mask);

M=triu(M,1);
M=reshape(M,[s(1)^2 1]);
M(I)=M(I(randperm(length(I))));
M=reshape(M,[s(1) s(1)]);
M=M+M';

********************************

BCTのランダム化関数はなんかうまく動かない。
エッジ数が保存されない。
なんでだろうか。

というわけで自分で書いた。
前も作った気がするけどどっかいったので忘れないようにメモ。
エッジをつなぎ替えるとかはめんどいので,全シャッフルで。
non-directionalなネットワークのみ対応可。


広域的安静時ネットワークはパーキンソン病及びドーパミン不足における認知障害と関連する。

Large-scale resting state network correlates of cognitive impairment in Parkinson's disease and related dopaminergic deficits.
Front Syst Neurosci. 2014;8:45
Authors: Lebedev AV, Westman E, Simmons A, Lebedeva A, Siepel FJ, Pereira JB, Aarsland D

もめんのみ。


難しくはないけど,未経験でミスが許されない仕事ってのは消耗しまくる。
大したことしてないのになー。


GLEEシーズン4は中だるみがひどい。
終盤に向けてテンションは上がるのか?


2014-04-28

fMRI独立成分におけるノイズ識別のための頑健な分類器

A robust classifier to distinguish noise from FMRI independent components.
PLoS One. 2014;9(4):e95493
Authors: Sochat V, Supekar K, Bustillo J, Calhoun V, Turner JA, Rubin DL

もめん。
noisecloud: https://github.com/vsoch/noisecloud
解析に使ったスクリプトが公開されている模様。


TQGはロボ二体揃い踏み。
鎧武はミッチーの暗黒化に対してタカトラのホワイト化が著しい。
ドクターりょうまもそのうち誰かに裏切られそうな気配。
面白くなってきました。

GLEEシーズン4の6話まで視聴。
フィンチェルのお互いの立場が逆転。
シーズン1との対比でフィンを見てるのが辛い。
いまんとシーズン3より面白い。


2014-04-25

パーキンソン病における安静時fMRI

Resting state functional magnetic resonance imaging in Parkinson's disease.
Prodoehl J, Burciu RG, Vaillancourt DE.
Curr Neurol Neurosci Rep. 2014 Jun;14(6):448. doi: 10.1007/s11910-014-0448-6.

rsfMRIの解析を簡便に図にまとめている。
こういうのありがたい。



いろいろやらないといけないが煮詰まっている。
そこをクリアしないと先に進められないため,作業ストップ。
選択肢が多すぎるのもよくないってことで。


2014-04-23

高齢被験者における局所及び全般的灰白質異常に対する個人毎のガウシアン処理に基づく予測と検出

Individualized Gaussian process-based prediction and detection of local and global grey matter abnormalities in elderly subjects.
Neuroimage. 2014 Apr 14;
Authors: Ziegler G, Ridgway G, Dahnke R, Gaser C, for The Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative

もめのみ。


共同研究を倫理委員会に申請するためE-learning中。
もうね,きちんと日本語つかってほしい。
メンターとかトレイニーとかなんとかかんとか。
言いたいことはわかるが。
不必要なカタカナ語はどうかと思う。


2014-04-22

超高速fMRIを用いたBOLD信号における生理学的効果の空間分布の検討

Studying the Spatial Distribution of Physiological Effects on BOLD Signals Using Ultrafast fMRI.
Front Hum Neurosci. 2014;8:196
Authors: Tong Y, Frederick BD

TR0.4s。
1.5Tじゃ無理かなー。


大学院授業2回目終了。
次は脳の発達。


2014-04-21

ヒトのマイネルト基底核の安静時機能的結合: 腹側線条体との比較と加齢の効果

Resting state functional connectivity of the basal nucleus of Meynert in humans: in comparison to the ventral striatum and the effects of age.
Neuroimage. 2014 Apr 12;
Authors: Li CS, Ide JS, Zhang S, Hu S, Chao HH, Zaborszky L

マイネルト基底核の機能的結合と加齢による認知機能低下との関連を示唆。
この領域ってちゃんと測定できてんだろうか?


TQGはサポートレッシャーのみで合体変形。
予想と違った。
本編より次回予告タイトルで笑う。
チーム鎧武の三人は三者三様にアホス。
ミッチーの暗黒化はどこまでいくのか。


2014-04-18

脳卒中後の認知障害における認知的訓練の中枢機構の解析: 安静時fMRI研究

Analysis of central mechanism of cognitive training on cognitive impairment after stroke: Resting-state functional magnetic resonance imaging study.
J Int Med Res. 2014 Apr 10;
Authors: Lin ZC, Tao J, Gao YL, Yin DZ, Chen AZ, Chen LD

もめのみ。


本家ADNIへデータアクセスの申請をする。
すんなり通ることを祈る。

ほんで,J-ADNI事件を今更知る。
近い領域というか,かぶっている領域の事件を
なぜ今まで知る機会がなかったのか?
先月W大でお会いしたメーカーの人がいってのこれかと
今更思い当たる。
すげー恥ずかしいorz。

J-ADNIにはrsfMRIも含まれている。
きっちりやってデータ公開してほしい。
そもそもrestingはどこが主導しているのだろうか?
とりあえずとってるだけ?


2014-04-17

測定可能で空間的な情報を用いた機能的結合に基づく疾患予測

Disease Prediction based on Functional Connectomes using a Scalable and Spatially-Informed Support Vector Machine.
Neuroimage. 2014 Apr 1;
Authors: Watanabe T, Kessler D, Scott C, Angstadt M, Sripada C

なんかROIの作り方が生物学的基盤を無視してるなとおもったら,工学系のグループの模様。
パフォーマンスが高ければよいのかもしれないが,個人的に面白いとは思えない。


医育機関名簿に載せるから情報よこせとキタ。
これが単なる一企業の営利活動であれば,大学としても個人としても無駄な時間。
しらべて見たら超高額。
今の時代にこんなもん必要としてる人がいるのか。

追記
上記は午前。
午後になり医学研究者名簿なる別会社の同様のものがきた。
メントス。


2014-04-15

神経画像化における制限されたボルツマンマシン: 内的ネットワーク同定への適用

Restricted Boltzmann Machines for Neuroimaging: An Application in Identifying Intrinsic Networks.
Neuroimage. 2014 Mar 27;
Authors: Devon Hjelm R, Calhoun VD, Salakhutdinov R, Allen EA, Adali T, Plis SM


また知らないニューラルネットが現れた。
いまんとこすぐに勉強しなきゃならないものでもなさそう。


昨日,大学院講義一回目「神経科学の歴史」終了。
受講者の背景がばらばらなのでしゃべりにくい。
次回は「脳の進化」。


2014-04-14

初期及び後期軽度認知障害とアルツハイマー病における低周波摂動振幅の変動

Altered Amplitude of Low-Frequency Fluctuations in Early and Late Mild Cognitive Impairment and Alzheimer's Disease.
Curr Alzheimer Res. 2014 Mar 31;
Authors: Liang P, Xiang J, Liang H, Qi Z, Zhong N, Li K

データはADNI2から。
相変わらず中国勢はALFF押し。


週末は次のfMRI実験の検討を行う。
プロジェクターが壊れるハプニングあり。
目処はついたので後は本人の頑張り次第。


TQGはロボットにならずに勝利。
来週は違った形態が出るようなので期待。


2014-04-11

リッチクラブ機構は機能的ネットワーク形状の多様なセットをサポートする。

Rich Club organization supports a diverse set of functional network configurations.
Neuroimage. 2014 Mar 31;
Authors: Senden M, Deco G, de Reus MA, Goebel R, van den Heuvel M

リッチクラブはネットワークの周辺ノード間の共活動パターンにおける重要なバックボーンとなる。
さらに分離した機能の統合において重要であると。
結論としてはまーなんとなくわかる。
問題はHOWを自分で理解できるのかってところ。


現実逃避的に1ヶ月も先の学会発表のポスターを作る。
ほぼめどはついた。


2014-04-10

モデルベースとモデルフリー学習間の調停の基礎となる神経計算

Neural computations underlying arbitration between model-based and model-free learning.
Neuron. 2014 Feb 5;81(3):687-99
Authors: Lee SW, Shimojo S, O'Doherty JP

掲載から2ヶ月経過しないとPDF取れないとか笑う。
積読も貯まるが,積むべき論文を詰めないなんて。
積読の消化率一桁ぐらいな気がするな。


2014-04-09

ニューロフィードバックによる側坐核の制御

Control of nucleus accumbens activity with neurofeedback.
Neuroimage. 2014 Apr 3;
Authors: Greer SM, Trujillo AJ, Glover GH, Knutson B

Knutsonのところから。
おもろい。


2014-04-08

認知的に健常な高齢者の内的脳活動は若年健常者よりもアルツハイマー病やそのリスクを持つ患者により類似している

Intrinsic brain activity of cognitively normal older persons resembles more that of patients both with and at-risk for Alzheimer's disease than that of healthy younger persons.
Brain Connect. 2014 Apr 1;
Authors: Pasquini L, Tonch A, Plant C, Zherdin A, Ortner M, Kurz A, Förstl H, Zimmer C, Grimmer T, Wohlschäger A, Riedl V, Sorg C

結局,疾患よりも加齢のエフェクトの方がかなり強いってことですよね。
臨床的には若人ではなく,対照年齢の健常者と比較してなんぼってことがrsfMRIでも確認されたと言えるのか。
地味な感じはいなめない。


まずい。風邪の予感。
今日は早めにけーる。


2014-04-07

ネットワーク伝達の分析的測度によって予測された安静時脳機能結合

Resting-brain functional connectivity predicted by analytic measures of network communication.
Goñi J, van den Heuvel MP, Avena-Koenigsberger A, Velez de Mendizabal N, Betzel RF, Griffa A, Hagmann P, Corominas-Murtra B, Thiran JP, Sporns O.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Jan 14;111(2):833-8. doi: 10.1073/pnas.1315529111.

”dynamic couplings due to interactions among neural elements in brain networks are substantially influenced by the broader network context adjacent to the shortest communication pathways.”
つまりどういうことだってばよ状態。


人生初のLEGOを作る。
パーツにすべて0937と打ってあってなんだろっとおもったら,
単にLEGOを反対から読んでいただけだった。


2014-04-03

ベイジアンネットワークによって同定されたアルツハイマー病のデフォルトモードネットワーク内の構造的交互作用

Structural interactions within the default mode network identified by Bayesian network analysis in Alzheimer's disease.
PLoS One. 2013;8(8):e74070
Authors: Wang Y, Chen K, Yao L, Jin Z, Guo X, Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative

めもん。
ベイズをまともに勉強できる時間はいつ得られるのか。


SPM8wなるツールボックスを発見。
https://github.com/ddwagner/SPM8w
Windowでも動くことになってるけど,内部のコードをみるとAFNIとかのUnixベースの関数を使っていたりする。
んー。
Unix系のツールを集中して使う時間がないといつまでたっても習熟できん。
せめてMacでいいから基本的なツールが使えるぐらいにはならなくては。。


2014-04-02

アーチファクト補正に関する論文がたんまり

Reduction of motion-related artifacts in resting state fMRI using aCompCor.
Muschelli J, Nebel MB, Caffo BS, Barber AD, Pekar JJ, Mostofsky SH.
Neuroimage. 2014 Mar 18. pii: S1053-8119(14)00175-X. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.028.


The impact of image smoothness on intrinsic functional connectivity and head motion confounds.
Scheinost D, Papademetris X, Constable RT.
Neuroimage. 2014 Mar 20. pii: S1053-8119(14)00182-7. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.035.


ICA-based artefact removal and accelerated fMRI acquisition for improved resting state network imaging.
Griffanti L, Salimi-Khorshidi G, Beckmann CF, Auerbach EJ, Douaud G, Sexton CE, Zsoldos E, Ebmeier KP, Filippini N, Mackay CE, Moeller S, Xu J, Yacoub E, Baselli G, Ugurbil K, Miller KL, Smith SM.
Neuroimage. 2014 Mar 21. pii: S1053-8119(14)00181-5. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.034.


A wavelet method for modeling and despiking motion artifacts from resting-state fMRI time series.
Patel AX, Kundu P, Rubinov M, Simon Jones P, Vértes PE, Ersche KD, Suckling J, Bullmore ET.
Neuroimage. 2014 Mar 21. pii: S1053-8119(14)00157-8. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.012.


見ただけでおなかいっぱい。


年度初めはなんだかんだでいそがし。
結果がまともにでていない研究の報告書つくらねばならないのがちとつらい。


2014-04-01

BOLD機能的結合解析におけるエコー時間と後処理手続きの影響

The effect of echo time and post-processing procedure on blood oxygenation level-dependent (BOLD) functional connectivity analysis.
Neuroimage. 2014 Mar 24;
Authors: Rane S, Mason E, Hussey E, Gore J, Ally BA, Donahue MJ


もめん。


本年度のメインのお仕事を一緒に行っていただく方と最初の打ち合わせ。
とりあえずは順調な滑り出し。
来月は顔を合わせて検討するのでその調整。


だいぶ間が開いてしまったが,これでしばらく大丈夫。
申請書書かなくてすむのがありがたい。
しかし,削られまくって買いたいものが買えない。
それがないと書いた内容半分しかできんのだけどどうすべか。


コラボみた。
鎧武と比較すると1号がすごく背が高くてびっくり。


2014-03-31

認知的に正常な高齢成人における皮質アミロイドベータは大脳-小脳システムにおけるネットワーク効率の減少と関連する

Cortical Amyloid Beta in Cognitively Normal Elderly Adults is Associated with Decreased Network Efficiency within the Cerebro-Cerebellar System.
Steininger SC, Liu X, Gietl A, Wyss M, Schreiner S, Gruber E, Treyer V, Kälin A, Leh S, Buck A, Nitsch RM, Prüssmann KP, Hock C, Unschuld PG.
Front Aging Neurosci. 2014 Mar 18;6:52. doi: 10.3389/fnagi.2014.00052. eCollection 2014.

もめのみ。


コラボはまだ見れていない。
はよ見たい。


2014-03-27

改良された安静時ネットワーク画像におけるICAに基づくアーチファクト除去と加速されたfMRI測定

ICA-based artefact removal and accelerated fMRI acquisition for improved Resting State Network imaging.
Neuroimage. 2014 Mar 20;
Authors: Griffanti L, Salimi-Khorshidi G, Beckmann CF, Auerbach EJ, Douaud G, Sexton CE, Zsoldos E, Ebmeier KP, Filippini N, Mackay CE, Moeller S, Xu J, Yacoub E, Baselli G, Ugurbil K, Miller KL, Smith SM

タイトル訳変だけど気にしない。
もめのみ。


脳ドックでrsfMRIの測定パラメータを変更してから1年とちょっとで中高齢者300強のデータが得られた。
さてこのデータで何をやろうか。
解析する時間を作るのが先か。。


2014-03-26

aCompCorを用いた安静時fMRIの運動関連アーチファクトの削減

Reduction of motion-related artifacts in resting state fMRI using aCompCor.
Neuroimage. 2014 Mar 18;
Authors: Muschelli J, Nebel MB, Caffo BS, Barber AD, Pekar JJ, Mostofsky SH

もめん。


鎧武をやっとみれた。
ミッチーの暗黒面が強くなってきてる。
来週はコラボの模様。


2014-03-25

縦断的,くり返し測定の神経画像データの速く正確なモデリング

Fast and Accurate Modelling of Longitudinal and Repeated Measures Neuroimaging Data.
Neuroimage. 2014 Mar 17;
Authors: Guillaume B, Hua X, Thompson PM, Waldorp L, Nichols TE, Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative

http://warwick.ac.uk/tenichols/SwE
Matlab上で動き,SPM-likeな模様。
えがえが。

2014-03-24

データ駆動による分割,補足的結合解析,及び機能的デコーディングを結合した側頭-頭頂接合の特徴

Characterization of the temporo-parietal junction by combining data-driven parcellation, complementary connectivity analyses, and functional decoding.
Bzdok D, Langner R, Schilbach L, Jakobs O, Roski C, Caspers S, Laird AR, Fox PT, Zilles K, Eickhoff SB.
Neuroimage. 2013 Nov 1;81:381-92. doi: 10.1016/j.neuroimage.2013.05.046

おもしろげ。


ホビットを観る。
3時間やっといてそこで終わるのかよって感じ。

日曜はトッキュウジャーのショーを見に行く。
最前列に座れたのでえがった。
写真は戦闘員クローズとトッキュウ1号。
かっこよす。

 

ショーの後にトッキュウジャーと記念撮影して帰宅。


2014-03-22

線条体の解剖学的結合に基づくヒト黒質の分割

Parcellation of the human substantia nigra based on anatomical connectivity to the striatum.
Neuroimage. 2013 Nov 1;81:191-8
Authors: Chowdhury R, Lambert C, Dolan RJ, Düzel E


もめのみ。



出張から帰る。
共同研究先の先生といろいろ話をしてモチベーションがちょっと戻る。

ジェノサイド下巻読了。
やっぱり著者の思想が不必要に入っててげんなり。
エンタメとしては面白いけど,それがなきゃもっと楽しめたのにと思う。
ただ,以前新人類もので似たようなものを読んだ覚えがある(タイトルは忘れた)。
オリジナリティという意味でもアオリ文句ほどではない。
まーこの人の本はもう買うまいとは思うが,その名前を記憶しておけるほどでもないので,うっかり手にとってしまうかも。


2014-03-18

メモなし

タスクを修正することになった。
プログラム的にはすこし難しい。
次の被験者は水曜に入っているので,
それまでになんとかしなければ。
徹夜のヨッカーン。


明日から東京出張。
果たして役に立てるであろうか。
ジェノサイド下巻は出張のお供に。


大和をゲッツ。
次は大鳳狙い。


2014-03-17

健忘性軽度認知障害における安静時脳ネットワークの因果結合の変化

Altered Causal Connectivity of Resting State Brain Networks in Amnesic MCI.
Liang P, Li Z, Deshpande G, Wang Z, Hu X, Li K.
PLoS One. 2014 Mar 10;9(3):e88476. doi: 10.1371/journal.pone.0088476.

なんか似たようなタイトルばっかでチェックしたかどうか分からなくなってくる。


ジェノサイド上巻読了。
んー,今一歩って感じ。
人種差別に関する記述が薄っぺらい。
作者の代弁か,議論喚起のためかは不明。
そのへんで一気にモチベが下がる。


2014-03-13

コネクトムマッパー

Connectome Mapper
http://www.cmtk.org/mapper/

拡散強調画像から結合マトリックスを作成するツール。
安静時fMRIに対応している模様。


備忘録
来年度共同研究させていただく方と初回の打ち合わせ終了。
次回はよりデータの受け渡しと具体的なこと解析フローの確認までを4月中に行う予定。


2014-03-12

鍼治療はアルツハイマー病における安静時の海馬機能的結合を調整する

Acupuncture modulates resting state hippocampal functional connectivity in Alzheimer disease.
PLoS One. 2014;9(3):e91160
Authors: Wang Z, Liang P, Zhao Z, Han Y, Song H, Xu J, Lu J, Li K

もめのみ。


意識高い系の若者と絡むのは苦手のようだ。


2014-03-11

軽度認知障害鑑別におけるスパース多変量自己回帰モデリング

Sparse Multivariate Autoregressive Modeling for Mild Cognitive Impairment Classification.
Li Y, Wee CY, Jie B, Peng Z, Shen D.
Neuroinformatics. 2014

なにやら複雑げだか,図を見る限りさほど難しくはなさそう。
帯域を細かく分けてSVMにかけると精度が上がるよってことらしい。


送別会done



2014-03-10

健忘性軽度認知障害における安静時実行制御ネットワーク適合

Resting State Executive Control Network Adaptations in Amnestic Mild Cognitive Impairment.
Wu L, Soder RB, Schoemaker D, Carbonnell F, Sziklas V, Rowley J, Mohades S, Fonov V, Bellec P, Dagher A, Shmuel A, Jia J, Gauthier S, Rosa-Neto P.
J Alzheimers Dis. 2014

もめのみ。


戦隊物を物色していてアキバレンジャーに辿り着く。
非公認のため(?),視聴禁止令が出る。


2014-03-07

間接的互恵主義の基礎となる二つの異なる神経メカニズム

Two distinct neural mechanisms underlying indirect reciprocity.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Mar 3;
Authors: Watanabe T, Takezawa M, Nakawake Y, Kunimatsu A, Yamasue H, Nakamura M, Miyashita Y, Masuda N

おもしろそう。


うちの大学は別キャンバスで打ち合わせや発表の時は,交通費でないとのこと。
ふざけとる。
キャンパス間の移動の多い先生はそれだけでエライ出費になる。
教員に負担押し付けてやる気がでるはずもない。


2014-03-06

加齢とアルツハイマー病におけるfMRIを用いた機能的結合

Functional Brain Connectivity Using fMRI in Aging and Alzheimer's Disease.
Neuropsychol Rev. 2014 Feb 23;
Authors: Dennis EL, Thompson PM

れびゅー。


散髪にいったらバブル期のトレンディドラマ風なスタイルになってしまた。


2014-03-05

Effective Connectivityの前提に関するメモ


1.離散時間で扱われるため,ある状態が他に影響する時間スケールに一致しなければならない。

2.観測された変数は,システム内において時間的に同調した時点で正確に保存されなければならない。
 →fMRI信号の場合は,スライスごとに測定時が異なるので,当然補正が必要。

3.グランジャー因果性や類似の方法は,観察された反応の統計的パターンに依存しているが,潜在的な要因は推定できない。


2014-03-04

軽度認知障害の機能的結合異常の評価における安静時ネットワークの予測モデル

Predictive models of resting state networks for assessment of altered functional connectivity in MCI.
Med Image Comput Comput Assist Interv. 2013;16(Pt 2):674-81
Authors: Jiang X, Zhu D, Li K, Zhang T, Shen D, Guo L, Liu T

もめのみ。


そろそろアプリ作りに本腰入れねば。


2014-03-03

安静時fMRI: 回帰分析の影響

Resting-State Functional Magnetic Resonance Imaging: The Impact of Regression Analysis.
J Neuroimaging. 2014 Feb 26;
Authors: Yeh CJ, Tseng YS, Lin YR, Tsai SY, Huang TY

もめのみ。

トッキュウオウのガチャSDは可愛いのに,
なぜ本物はあんなにダサいのか。


2014-03-01

安静時fMRI: ヒト脳可塑性への窓口

Resting-State fMRI: A Window into Human Brain Plasticity.
Neuroscientist. 2014 Feb 21;
Authors: Guerra-Carrillo B, Mackey AP, Bunge SA

雑誌名にハゲしい違和感。


今年度の発表や講演はすべて終わった。
その最後で広島にトークしにいったとき,プロフェッショナルコネクターなる職業の方の特別講演があった。
プロフェッショナルコネクターというだけあって独特の世界観があった。
スモールワールドにおけるハブ,それも突出したハブを初めて目の当たりにして,世間の狭さを形作っているのはこういう方なのだと納得した。
非常にテンションの高い講演だった。
しかし,その直後に話す私はどんなテンションで話したらよいやら困惑してしまった。
数少なく,ウェイトの小さいエッジしかもたないノードである私にとって,世界は広い。


2014-02-24

中脳容積は報酬反応のfMRI及びERP指標を予測する

Midbrain volume predicts fMRI and ERP measures of reward reactivity.
Brain Struct Funct. 2014 Feb 19;
Authors: Carlson JM, Foti D, Harmon-Jones E, Proudfit GH

ありそうでなかった。。。のか?


週末に講演と報告会を終わらす。
今週は試験監督,講演と打ち合わせで出張。
解析的なことはする暇なす。


2014-02-20

結合の定義

構造的結合

神経学的要素をつなげた生理的,構造的,解剖学的連結。
その解剖学的連結は単細胞間の局所的回路から領域間経路のネットワークまで幅広いスケールに存在。
生理学的パターンは短い時間スケール(秒から分)では相対的に静的であるが,長い時間スケール(時から日)では可塑性があり,力動的であるかもしれない。


機能的結合

空間的に離れた神経ユニット間の統計学的な独立からの偏差(Friston, 1993; 1994)。
機能的結合の基礎は神経活動の時系列データ。
時系列データは神経細胞記録,EEG,MEG,fMRIなどから得られる。
統計学的独立からの逸脱は,通常力動的な連結を示唆し,時系列ペアの相関や共分散,スペクトラルコヒーレンス,位相固定を評価することで測定される。
構造的結合と異なり,機能的結合は時間依存が強く,統計的に非定常でありうる。
多くの場合,機能的結合は数百msで変化し,外的な課題負荷や感覚刺激,生体の内的状態などによって影響を受ける。
統計的な関連性を示すため,機能的結合は神経的要素間の因果関係を明らかにはできない。
また,解剖学的な構造モデルを明らかにできない。


有効結合

神経学的要素間の因果関係(Friston, 1994; Buchel and Friston, 2000)。
時系列解析,統計学的モデリング,実験的摂動にて推定される。
機能的結合と同様に,時間依存的であり,実験課題,刺激,内的状態によって急速に影響される。
有効結合のいくつかのアプローチは時間的先行からの有向作用に由来し,その結果モデルフリーとなる。
他のアプローチは解剖学的経路などの構造的変数を含む明示的な因果モデルを必要とする。
有効結合の評価は複雑なデータ処理とモデリング技術を必要とする。



非ヒト霊長類モデルの安静時における線条体に関連した機能的結合のパーキンソン病関連の変化

Parkinson's disease-related modulation of functional connectivity associated with the striatum in the resting state in a nonhuman primate model.
Brain Res. 2014 Feb 12;
Authors: Li J, Luo C, Chen Y, Chen Q, Huang R, Sun J, Gong Q, Wu X, Qi Z, Liang Z, Li L, Li H, Li P, Wang W, Shang HF

なんかイマイチなタイトル。
訳が変なのか,元のタイトルが変なのか。


さて,明日から来週にかけて発表が3つ。
落ち着かない。


2014-02-19

機能的結合における加齢変化の脳広域研究

A Brain-Wide Study of Age-Related Changes in Functional Connectivity.
Cereb Cortex. 2014 Feb 13;
Authors: Geerligs L, Renken RJ, Saliasi E, Maurits NM, Lorist MM

解析がちょびっと目新しいが,言っていることは別に新しくない。
んー。
なんかこの辺の領域ってFigureの出来が載る雑誌のレベルに
大きく影響するキガス。


キョウリュウジャーが終わり,トッキュウジャーへ。
イマジネーションが大事らしい。


2014-02-17

切断される認知

Disconnecting cognition.
Kleinschmidt A, Vuilleumier P.
Curr Opin Neurol. 2013 Aug;26(4):333-8. doi: 10.1097/WCO.0b013e328363393b.

神経疾患における結合研究のレビュー。
disconnectionに関しては過剰解釈かもと注意喚起。


カッコカリ完了。
弥生デイリーでゲットー。


2014-02-13

グラジエント再起エコーとEPIシークエンスを用いた圧縮センシングfMRI

Compressed Sensing fMRI using Gradient-recalled Echo and EPI Sequences.
Neuroimage. 2014 Feb 1;
Authors: Zong X, Lee J, Poplawsky A, Kim SG, Ye JC

圧縮センシングは,「スパース性を持つ高次元の信号を少ない観測から復元する枠組み」らしい。
MRIデータってスパースだっけ?
よくわからん。


解析が終わる気配がない。
今日はもう帰ろう。


2014-02-12

比較霊長類神経画像: ヒト脳の進化への洞察

Comparative primate neuroimaging: insights into human brain evolution.
Trends Cogn Sci. 2014 Jan;18(1):45-55
Authors: Rilling JK

タイトル訳,いまいち感満載。
面白そう。


ネットワークにおけるパスとウォーク(walk)は,
ノード間の経路が特異的か非特異的かが異なる。
散歩のニュアンスか,なる。
あれ,バイナリネットワークではウォークが頻繁に
観察されるはずだけと,その時のネットワーク指標
の計算はどうなってんだろ?


2014-02-10

被験者全体における機能的結合の学習と比較

Learning and comparing functional connectomes across subjects.
Varoquaux G, Craddock RC.
Neuroimage. 2013 Oct 15;80:405-15. doi: 10.1016/j.neuroimage.2013.04.007.

レビュー。
タイトル抽象的すぎる。
でもAAL以外の領域分けの情報がまとめられていて有用。


キョウリュウジャーが終わってしまった。
いい最終回でした。


2014-02-06

マトリックス縮小と復元を介した不完全マルチモダリティデータを用いた神経変性疾患診断

Neurodegenerative Disease Diagnosis using Incomplete Multi-Modality Data via Matrix Shrinkage and Completion.
Neuroimage. 2014 Jan 27;
Authors: Thung KH, Wee CY, Yap PT, Shen D,

MRI,PET,CSFの合わせ技。
数式がさっぱりわからず。


院生さんのデータの下拵えにとりかかる。


2014-02-03

アルツハイマー病における内的脳活動の低周波摂動振幅の異常

Abnormal Amplitude of Low-Frequency Fluctuations of Intrinsic Brain Activity in Alzheimer's Disease.
J Alzheimers Dis. 2014 Jan 28;
Authors: Liu X, Wang S, Zhang X, Wang Z, Tian X, He Y

もめのみ。


今回でキョウリュウジャー終わるかと思いきや
結末は来週に持ち越し。
事前情報ゼロでみてると楽しい。
素人二人のキョウリュウジャー化は予想外。

そして当然の流れとして仮面ライダーも見始める。
フルーツてww。


2014-01-31

符号化後の安静時への海馬マルチボクセルパターンの持続は記憶と関係する

Persistence of hippocampal multivoxel patterns into postencoding rest is related to memory.
Tambini A, Davachi L.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Nov 26;110(48):19591-6. doi: 10.1073/pnas.1308499110.

もめのみ。


現状できる解析はひと通りやってみたが,
結局結果を出せず。
頭の中qうぇrちゅいおp@って感じ。


2014-01-29

前頭前野へのtDC刺激は皮質及び皮質下の報酬系の活動と結合を変化させる: tDC-fMRI研究

Prefrontal transcranial direct current stimulation alters activation and connectivity in cortical and subcortical reward systems: A tDCS-fMRI study.
Weber MJ, Messing SB, Rao H, Detre JA, Thompson-Schill SL.
Hum Brain Mapp. 2014 Jan 22. doi: 10.1002/hbm.22429.

もめのみ。


でない,結果がでない,気配もない。
健常者との比較ならまだしも,
疾患同士の比較となると厳しい。
これはNが増えるまでお蔵入りの予感。
まだできる解析あるっけか。


2014-01-28

楔前部はデフォルトモードネットワークの機能的核である

Precuneus is a functional core of the default-mode network.
J Neurosci. 2014 Jan 15;34(3):932-40
Authors: Utevsky AV, Smith DV, Huettel SA

めものみ。


ビブリア5巻読了。
終わるかと思いきやまだ続く。
ジャンプの無駄な引き伸ばしを思い出した。


2014-01-27

開眼及び閉眼時のヒト機能的ネットワークにおける位相組織の違い

Different topological organization of human brain functional networks with eyes open versus eyes closed.
Neuroimage. 2014 Jan 13;
Authors: Xu P, Huang R, Wang J, Van Dam NT, Xie T, Dong Z, Chen C, Gu R, Zang YF, He Y, Fan J, Luo Y

開眼と閉眼でグラフ理論の指標は異なってくるらしい。
こんなん前も見たような気がする。
気がするだけかも。


キョウリュウジャーはまだ完結せず。
アイガロンの死に様がベタだがよかった。


2014-01-24

皮質-皮質下ネットワーク結合のドーパミン依存にした機構

Dopamine-dependent architecture of cortico-subcortical network connectivity.
Cereb Cortex. 2013 Jul;23(7):1509-16
Authors: Cole DM, Oei NY, Soeter RP, Both S, van Gerven JM, Rombouts SA, Beckmann CF

もめのみ。


へこんでたやる気がだいぶ戻ってきた。
結局,やる気はやらなきゃ出てこないを実感。
最初の取っ掛かりになるやる気を出すのが一番むずい。


2014-01-22

徐波以下の脳波摂動はfMRIにおける安静時ネットワーク力動と関連する

Infra-slow EEG fluctuations are correlated with resting-state network dynamics in FMRI.
J Neurosci. 2014 Jan 8;34(2):356-62
Authors: Hiltunen T, Kantola J, Abou Elseoud A, Lepola P, Suominen K, Starck T, Nikkinen J, Remes J, Tervonen O, Palva S, Kiviniemi V, Palva JM

fMRIで神経活動を反映する周波数帯域に対応した脳波があって,きちんと関連を示した模様。


あと一週間。


2014-01-21

全体信号補正あり及びなしの機能的結合ネットワーク

Functional connectivity networks with and without global signal correction.
Front Hum Neurosci. 2013;7:880
Authors: Hayasaka S

アブストだけよんでもどっちがよいとは書いていない。

他の論文では明確に補正すんなって感じ。
Murphy et al. Neuroimage, 2009; Saad et al., Brain Connectivity 2012


さて,いろいろ切羽詰まってきた。


2014-01-17

fMRI解析におけるクラスター範囲に基づく閾値: 落とし穴と推奨

Cluster-extent based thresholding in fMRI analyses: Pitfalls and recommendations.
Neuroimage. 2014 Jan 8;
Authors: Woo CW, Krishnan A, Wager TD

まだアブストしか読めず。
ツンドク。


2014-01-16

運動除去のための操作手順の最適化: Powerらへのコメント

Optimizing the order of operations for movement scrubbing: Comment on Power et al.
Neuroimage. 2013 Aug 1;76:436-8
Authors: Carp J

コメント対象の論文はこれ
Neuroimage. 2012 Feb 1;59(3):2142-54. doi: 10.1016/j.neuroimage.2011.10.018. Epub 2011 Oct 14.
Spurious but systematic correlations in functional connectivity MRI networks arise from subject motion.
Power JD, Barnes KA, Snyder AZ, Schlaggar BL, Petersen SE.

つんどく。


2014-01-15

新しい統計: なぜ,そしてどのように

The New Statistics: Why and How
Geoff Cumming
Psychological Science, 2014, Vol. 25(1) 7 –29

我々は,どのように研究を実施するのかにおいて,かなりの変化を加える必要がある。まず,出版された論文が不完全で信頼できないという懸念から,研究の完全性(integrity)を確保する新しい必要条件が求められる。これらは,可能であれば事前特異化(prespecification),選択と不適切なデータ解析の回避,完全な記述,及び再現の促進が含まれる。次に,帰無仮説の有意性検証の厳しい欠陥という再確認された認識から,我々は帰無仮説検証の信頼から推定(estimation)と他のテクニックに移行する必要がある。この新しい統計は,効果サイズに基づく推定,信頼区間,及びメタ解析を含む手続きに目を向けいている。テクニックは新しくないが,それを広く適用することは多くの研究者にとって有益であり,また新しいことである。本論文ではなぜこの新しい統計が重要なのか,その使用がガイダンスとして提案されているのかを説明する。完全性のある研究に対して8つのステップの新しい統計戦略が記述されるが,これは推定用語での研究問題の形式化に始まり,累積した量的規律(discipline)の構築を目的とする。

ブログサーフィンしてて見つけた論文。
大事そうなので超適当に訳してみたが,適当すぎてピンと来ない。


とある仕事を途中で返上してしまう。
なんとかなるとの甘い見積もあったが,
完全に手に負えなくなった。
多くの方に迷惑がかかってしまった。

断るのが難しい立場ではあるが,
無理なものは無理と断らなければいけない。
でなければもっと大事を招いてしまう。
自戒しなければ。。


2014-01-10

皮質-皮質下ネットワーク結合のドーパミン依存機構

Dopamine-dependent architecture of cortico-subcortical network connectivity.
Cereb Cortex. 2013 Jul;23(7):1509-16
Authors: Cole DM, Oei NY, Soeter RP, Both S, van Gerven JM, Rombouts SA, Beckmann CF

もめのみ。

CONNがいつの間にかバーションアップしていた。
アプデアプデ。



2014-01-09

アルツハイマー病における安静時と課題におけるデフォルトモードネットワークの調整

Modulation of the default-mode network between rest and task in Alzheimer's Disease.
Cereb Cortex. 2013 Jul;23(7):1685-94
Authors: Schwindt GC, Chaudhary S, Crane D, Ganda A, Masellis M, Grady CL, Stefanovic B, Black SE

解析はICA。


キョウリュウジャーがおもしろい。
日曜を心待ちにしている30代(TVないけど)。
バイオレットの出番をもっと増やしてほしい。


2014-01-08

デフォルトモードネットワークの機能的・構造的結合の検討

An investigation into the functional and structural connectivity of the Default Mode Network.
Neuroimage. 2013 Dec 29;
Authors: van Oort ES, van Walsum AM, Norris DG

安静時fMRIのdurationが35分てば。。
なげー。

国際学会WSのアブスト締め切りが月末とのこと。
解析を今からやるので,間に合うか不明。
ダメなら迷惑がかかる。
結果が出れば出たで英語の口頭発表なので
ストレスでハゲる。。


2014-01-07

健忘性軽度認知障害における機能的脳ネットワーク機構の広い変化

Widespread Alterations in Functional Brain Network Architecture in Amnestic Mild Cognitive Impairment.
J Alzheimers Dis. 2013 Dec 23;
Authors: Minati L, Chan D, Mastropasqua C, Serra L, Spanò B, Marra C, Caltagirone C, Cercignani M, Bozzali M

グラフ理論ベース。


非常勤4回目終了。
あと7回+試験問題作成。
先は長い。


2014-01-06

ヒト側坐核の推定上の核とシェルへの分割は報酬と痛みの価値コーディングを分離する

J Neurosci. 2013 Oct 9;33(41):16383-93. doi: 10.1523/JNEUROSCI.1731-13.2013.
Parceling human accumbens into putative core and shell dissociates encoding of values for reward and pain.
Baliki MN, Mansour A, Baria AT, Huang L, Berger SE, Fields HL, Apkarian AV.

側坐核はさらに分割できるらしい。


11連休,長い休暇でした。
半分以上の期間,強制的に北の大地にいたので,
大学に出てきたのはわずか一日。
ペース戻すのに苦労しそう。
帰省以外の休み中は宿舎の防寒対策を行う。
すきま塞ぐだけで快適さがダンチ。