ICAによるノイズ除去

Hand classification of fMRI ICA noise components.
Griffanti L, Douaud G, Bijsterbosh J, Evangelisti S, Alfaro-Almagro F, Glasser MF, Duff EP, Fitzgibbon S, Westphal R, Carone D, Beckmann CF, Smith SM.
Neuroimage. 2016 Dec 15. pii: S1053-8119(16)30758-3. doi: 10.1016/j.neuroimage.2016.12.036.

論文そのものにアクセスできるようになってからPubmedに登録してよー

Functional Network Connectivity (FNC)

http://mialab.mrn.org/software/fnc/index.html

ICA後に各コンポーネントの時系列間の相関とラグを算出してくれるツールボックス。
ICAにはGIFTを用いる事が推奨されている。

Neuroimage. 2008 Feb 15;39(4):1666-81. Epub 2007 Nov 13.
A method for functional network connectivity among spatially independent resting-state components in schizophrenia.
Jafri MJ, Pearlson GD, Stevens M, Calhoun VD.

MAGMA. 2010 Dec;23(5-6):351-66. Epub 2010 Feb 17.
A method for evaluating dynamic functional network connectivity and task-modulation: application to schizophrenia.
Sakoğlu U, Pearlson GD, Kiehl KA, Wang YM, Michael AM, Calhoun VD.

独立成分分析のグループ解析

GIFT以外でICAのグループ解析ができるツールボックスを探索中に発見。
FMRLAB
http://sccn.ucsd.edu/fmrlab/
Scott Makeigのグループが作っている模様。
「Component cluster analysis to group multiple-subject ICA results」がFuture Developmentの項目にあった。
早くこの機能が追加されるといいのだが。

あとはこれもICA解析ができる模様。
http://cogsys.imm.dtu.dk/toolbox/ica/index.html
しかし，グループ解析は対応していない。

MDL基準のsparse dictionary learningを用いたfMRI解析におけるデータ駆動型のスパースな一般線形モデル

A data-driven sparse GLM for fMRI analysis using sparse dictionary learning with MDL criterion.
IEEE Trans Med Imaging. 2010 Dec 6;
Authors: Lee K, Tak S, Ye JC

タイトルがほとんど日本語にならない。ICAライクな解析を提案している模様。それ以外は何一つ理解できず。

fMRIデータに対してICAを適用

口頭発表用につくったのでアップ。

.hdr/.imgから.niiへの変換

http://www.rotman-baycrest.on.ca/~jimmy/NIFTI/
からツールボックスをダウンロード。
下記のコードで指定のフォルダの中にある.hdr/.imgファイルを.niiファイルに一括変換。

dir_name = uigetdir;
cd(dir_name);
list=dir(dir_name);
for ii=3:2:length(list)
    nii=load_nii(list(ii,1).name);
    save_nii(nii,strcat(list(ii,1).name(1:end-3),'nii'));
end;

GIFT備忘禄

sub001\T1\*.nii

         \T2\*.nii

         \func\s*.nii

sub002\T1\*.nii

         \T2\*.nii

         \func\s*.nii

prefixでs*.niiを指定したあと一回別なところをクリックしないと反映されないらしい。

また，デフォルト設定にMaskがあるので，GrayMatterのマスクを作っておきそれを指定。
中心がずれているとだめなので，SPMで位置合わせをして，自分自身でノーマライズしてサイズ変更。

2x2x2のサイズではICAが回らず。3x3x3で施行。