ランダムネットワークの作成

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function M=randomize_matrix(M)

s=size(M);
mask=triu(ones(s),1);
mask=reshape(mask,[s(1)^2 1]);
I=find(mask);

M=triu(M,1);
M=reshape(M,[s(1)^2 1]);
M(I)=M(I(randperm(length(I))));
M=reshape(M,[s(1) s(1)]);
M=M+M';

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BCTのランダム化関数はなんかうまく動かない。
エッジ数が保存されない。
なんでだろうか。

というわけで自分で書いた。
前も作った気がするけどどっかいったので忘れないようにメモ。
エッジをつなぎ替えるとかはめんどいので，全シャッフルで。
non-directionalなネットワークのみ対応可。

広域的安静時ネットワークはパーキンソン病及びドーパミン不足における認知障害と関連する。

Large-scale resting state network correlates of cognitive impairment in Parkinson's disease and related dopaminergic deficits.
Front Syst Neurosci. 2014;8:45
Authors: Lebedev AV, Westman E, Simmons A, Lebedeva A, Siepel FJ, Pereira JB, Aarsland D

もめんのみ。


難しくはないけど，未経験でミスが許されない仕事ってのは消耗しまくる。
大したことしてないのになー。


GLEEシーズン4は中だるみがひどい。
終盤に向けてテンションは上がるのか？

fMRI独立成分におけるノイズ識別のための頑健な分類器

A robust classifier to distinguish noise from FMRI independent components.
PLoS One. 2014;9(4):e95493
Authors: Sochat V, Supekar K, Bustillo J, Calhoun V, Turner JA, Rubin DL

もめん。
noisecloud：　https://github.com/vsoch/noisecloud
解析に使ったスクリプトが公開されている模様。


TQGはロボ二体揃い踏み。
鎧武はミッチーの暗黒化に対してタカトラのホワイト化が著しい。
ドクターりょうまもそのうち誰かに裏切られそうな気配。
面白くなってきました。

GLEEシーズン4の6話まで視聴。
フィンチェルのお互いの立場が逆転。
シーズン1との対比でフィンを見てるのが辛い。
いまんとシーズン3より面白い。

パーキンソン病における安静時fMRI

Resting state functional magnetic resonance imaging in Parkinson's disease.
Prodoehl J, Burciu RG, Vaillancourt DE.
Curr Neurol Neurosci Rep. 2014 Jun;14(6):448. doi: 10.1007/s11910-014-0448-6.

rsfMRIの解析を簡便に図にまとめている。
こういうのありがたい。

いろいろやらないといけないが煮詰まっている。
そこをクリアしないと先に進められないため，作業ストップ。
選択肢が多すぎるのもよくないってことで。

高齢被験者における局所及び全般的灰白質異常に対する個人毎のガウシアン処理に基づく予測と検出

Individualized Gaussian process-based prediction and detection of local and global grey matter abnormalities in elderly subjects.
Neuroimage. 2014 Apr 14;
Authors: Ziegler G, Ridgway G, Dahnke R, Gaser C, for The Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative

もめのみ。


共同研究を倫理委員会に申請するためE-learning中。
もうね，きちんと日本語つかってほしい。
メンターとかトレイニーとかなんとかかんとか。
言いたいことはわかるが。
不必要なカタカナ語はどうかと思う。

超高速fMRIを用いたBOLD信号における生理学的効果の空間分布の検討

Studying the Spatial Distribution of Physiological Effects on BOLD Signals Using Ultrafast fMRI.
Front Hum Neurosci. 2014;8:196
Authors: Tong Y, Frederick BD

TR0.4s。
1.5Tじゃ無理かなー。


大学院授業2回目終了。
次は脳の発達。

ヒトのマイネルト基底核の安静時機能的結合： 腹側線条体との比較と加齢の効果

Resting state functional connectivity of the basal nucleus of Meynert in humans: in comparison to the ventral striatum and the effects of age.
Neuroimage. 2014 Apr 12;
Authors: Li CS, Ide JS, Zhang S, Hu S, Chao HH, Zaborszky L

マイネルト基底核の機能的結合と加齢による認知機能低下との関連を示唆。
この領域ってちゃんと測定できてんだろうか？


TQGはサポートレッシャーのみで合体変形。
予想と違った。
本編より次回予告タイトルで笑う。
チーム鎧武の三人は三者三様にアホス。
ミッチーの暗黒化はどこまでいくのか。

脳卒中後の認知障害における認知的訓練の中枢機構の解析： 安静時fMRI研究

Analysis of central mechanism of cognitive training on cognitive impairment after stroke: Resting-state functional magnetic resonance imaging study.
J Int Med Res. 2014 Apr 10;
Authors: Lin ZC, Tao J, Gao YL, Yin DZ, Chen AZ, Chen LD

もめのみ。


本家ADNIへデータアクセスの申請をする。
すんなり通ることを祈る。

ほんで，J-ADNI事件を今更知る。
近い領域というか，かぶっている領域の事件を
なぜ今まで知る機会がなかったのか？
先月W大でお会いしたメーカーの人がいってのこれかと
今更思い当たる。
すげー恥ずかしいorz。

J-ADNIにはrsfMRIも含まれている。
きっちりやってデータ公開してほしい。
そもそもrestingはどこが主導しているのだろうか？
とりあえずとってるだけ？

測定可能で空間的な情報を用いた機能的結合に基づく疾患予測

Disease Prediction based on Functional Connectomes using a Scalable and Spatially-Informed Support Vector Machine.
Neuroimage. 2014 Apr 1;
Authors: Watanabe T, Kessler D, Scott C, Angstadt M, Sripada C

なんかROIの作り方が生物学的基盤を無視してるなとおもったら，工学系のグループの模様。
パフォーマンスが高ければよいのかもしれないが，個人的に面白いとは思えない。


医育機関名簿に載せるから情報よこせとキタ。
これが単なる一企業の営利活動であれば，大学としても個人としても無駄な時間。
しらべて見たら超高額。
今の時代にこんなもん必要としてる人がいるのか。

追記
上記は午前。
午後になり医学研究者名簿なる別会社の同様のものがきた。
メントス。

神経画像化における制限されたボルツマンマシン： 内的ネットワーク同定への適用

Restricted Boltzmann Machines for Neuroimaging: An Application in Identifying Intrinsic Networks.
Neuroimage. 2014 Mar 27;
Authors: Devon Hjelm R, Calhoun VD, Salakhutdinov R, Allen EA, Adali T, Plis SM


また知らないニューラルネットが現れた。
いまんとこすぐに勉強しなきゃならないものでもなさそう。


昨日，大学院講義一回目「神経科学の歴史」終了。
受講者の背景がばらばらなのでしゃべりにくい。
次回は「脳の進化」。

初期及び後期軽度認知障害とアルツハイマー病における低周波摂動振幅の変動

Altered Amplitude of Low-Frequency Fluctuations in Early and Late Mild Cognitive Impairment and Alzheimer's Disease.
Curr Alzheimer Res. 2014 Mar 31;
Authors: Liang P, Xiang J, Liang H, Qi Z, Zhong N, Li K

データはADNI2から。
相変わらず中国勢はALFF押し。


週末は次のfMRI実験の検討を行う。
プロジェクターが壊れるハプニングあり。
目処はついたので後は本人の頑張り次第。

TQGはロボットにならずに勝利。
来週は違った形態が出るようなので期待。

リッチクラブ機構は機能的ネットワーク形状の多様なセットをサポートする。

Rich Club organization supports a diverse set of functional network configurations.
Neuroimage. 2014 Mar 31;
Authors: Senden M, Deco G, de Reus MA, Goebel R, van den Heuvel M

リッチクラブはネットワークの周辺ノード間の共活動パターンにおける重要なバックボーンとなる。
さらに分離した機能の統合において重要であると。
結論としてはまーなんとなくわかる。
問題はHOWを自分で理解できるのかってところ。


現実逃避的に1ヶ月も先の学会発表のポスターを作る。
ほぼめどはついた。

モデルベースとモデルフリー学習間の調停の基礎となる神経計算

Neural computations underlying arbitration between model-based and model-free learning.
Neuron. 2014 Feb 5;81(3):687-99
Authors: Lee SW, Shimojo S, O'Doherty JP

掲載から2ヶ月経過しないとPDF取れないとか笑う。
積読も貯まるが，積むべき論文を詰めないなんて。
積読の消化率一桁ぐらいな気がするな。

ニューロフィードバックによる側坐核の制御

Control of nucleus accumbens activity with neurofeedback.
Neuroimage. 2014 Apr 3;
Authors: Greer SM, Trujillo AJ, Glover GH, Knutson B

Knutsonのところから。
おもろい。

認知的に健常な高齢者の内的脳活動は若年健常者よりもアルツハイマー病やそのリスクを持つ患者により類似している

Intrinsic brain activity of cognitively normal older persons resembles more that of patients both with and at-risk for Alzheimer's disease than that of healthy younger persons.
Brain Connect. 2014 Apr 1;
Authors: Pasquini L, Tonch A, Plant C, Zherdin A, Ortner M, Kurz A, Förstl H, Zimmer C, Grimmer T, Wohlschäger A, Riedl V, Sorg C

結局，疾患よりも加齢のエフェクトの方がかなり強いってことですよね。
臨床的には若人ではなく，対照年齢の健常者と比較してなんぼってことがrsfMRIでも確認されたと言えるのか。
地味な感じはいなめない。


まずい。風邪の予感。
今日は早めにけーる。

ネットワーク伝達の分析的測度によって予測された安静時脳機能結合

Resting-brain functional connectivity predicted by analytic measures of network communication.
Goñi J, van den Heuvel MP, Avena-Koenigsberger A, Velez de Mendizabal N, Betzel RF, Griffa A, Hagmann P, Corominas-Murtra B, Thiran JP, Sporns O.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Jan 14;111(2):833-8. doi: 10.1073/pnas.1315529111.

”dynamic couplings due to interactions among neural elements in brain networks are substantially influenced by the broader network context adjacent to the shortest communication pathways.”
つまりどういうことだってばよ状態。


人生初のLEGOを作る。
パーツにすべて0937と打ってあってなんだろっとおもったら，
単にLEGOを反対から読んでいただけだった。

ベイジアンネットワークによって同定されたアルツハイマー病のデフォルトモードネットワーク内の構造的交互作用

Structural interactions within the default mode network identified by Bayesian network analysis in Alzheimer's disease.
PLoS One. 2013;8(8):e74070
Authors: Wang Y, Chen K, Yao L, Jin Z, Guo X, Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative

めもん。
ベイズをまともに勉強できる時間はいつ得られるのか。


SPM8wなるツールボックスを発見。
https://github.com/ddwagner/SPM8w
Windowでも動くことになってるけど，内部のコードをみるとAFNIとかのUnixベースの関数を使っていたりする。
んー。
Unix系のツールを集中して使う時間がないといつまでたっても習熟できん。
せめてMacでいいから基本的なツールが使えるぐらいにはならなくては。。

アーチファクト補正に関する論文がたんまり

Reduction of motion-related artifacts in resting state fMRI using aCompCor.
Muschelli J, Nebel MB, Caffo BS, Barber AD, Pekar JJ, Mostofsky SH.
Neuroimage. 2014 Mar 18. pii: S1053-8119(14)00175-X. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.028.


The impact of image smoothness on intrinsic functional connectivity and head motion confounds.
Scheinost D, Papademetris X, Constable RT.
Neuroimage. 2014 Mar 20. pii: S1053-8119(14)00182-7. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.035.


ICA-based artefact removal and accelerated fMRI acquisition for improved resting state network imaging.
Griffanti L, Salimi-Khorshidi G, Beckmann CF, Auerbach EJ, Douaud G, Sexton CE, Zsoldos E, Ebmeier KP, Filippini N, Mackay CE, Moeller S, Xu J, Yacoub E, Baselli G, Ugurbil K, Miller KL, Smith SM.
Neuroimage. 2014 Mar 21. pii: S1053-8119(14)00181-5. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.034.


A wavelet method for modeling and despiking motion artifacts from resting-state fMRI time series.
Patel AX, Kundu P, Rubinov M, Simon Jones P, Vértes PE, Ersche KD, Suckling J, Bullmore ET.
Neuroimage. 2014 Mar 21. pii: S1053-8119(14)00157-8. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.03.012.


見ただけでおなかいっぱい。


年度初めはなんだかんだでいそがし。
結果がまともにでていない研究の報告書つくらねばならないのがちとつらい。

BOLD機能的結合解析におけるエコー時間と後処理手続きの影響

The effect of echo time and post-processing procedure on blood oxygenation level-dependent (BOLD) functional connectivity analysis.
Neuroimage. 2014 Mar 24;
Authors: Rane S, Mason E, Hussey E, Gore J, Ally BA, Donahue MJ


もめん。


本年度のメインのお仕事を一緒に行っていただく方と最初の打ち合わせ。
とりあえずは順調な滑り出し。
来月は顔を合わせて検討するのでその調整。


だいぶ間が開いてしまったが，これでしばらく大丈夫。
申請書書かなくてすむのがありがたい。
しかし，削られまくって買いたいものが買えない。
それがないと書いた内容半分しかできんのだけどどうすべか。


コラボみた。
鎧武と比較すると1号がすごく背が高くてびっくり。